先生的旅行，照例用两匹马换着骑，两匹骡驮着书跟在后面。到了险要的地方，便找些老兵退卒，问他们长短曲折。倘若和以前所耳闻的不合，便就近到茶坊里，打开书对勘。倘若经行平原、大野，没有可以留意的地方，便在马上嘿诵经书的注疏。又欢喜金石文字，凡走到名山、巨镇、祠庙、伽蓝的地方，便探寻古碑遗碣，拂拭玩读，钞录大要。他著作的资料，多从旅行时实地勘察得到，不是一般著作家闭门造车可以比得的。
清廷因纂修《明史》，特开博学鸿词科，朝中大臣屡欲推荐，先生都以死坚拒。有来求墓志碑铭的，先生谢却之，说道：“文不关于经术政理之大，不足为也。韩文公起八代衰，若但作《原道》《谏佛骨表》《平淮西碑》《张中丞传》后诸篇，而一切谀墓之文不作，岂不诚山斗乎？今犹未也！”先生甥徐乾学兄弟，替先生买田置宅，屡次请先生归养，先生不肯。他的夫人死在昆山，亦只寄诗挽她。
清康熙二十一年（1682）正月初九日，卒于山西曲沃韩旬公家，年七十岁。无子，立侄衍生为嗣。从弟严，奉他的丧归葬昆山千墩地方。弟子潘耒，将他的遗书刊行。
三、亭林先生的著作
《日知录》三十二卷，《补遗》四卷 此为亭林一生精力所集注的著述。他自己说：“平生之志与业皆在其中”（与《友人论门人书》）；又说：“自少读书，有所得，辄记之。其有不合时，改定；或古人先我而有者，则遂削之。积三十余年，乃成一编。”可以见它的重要。大约，前七卷是论经义的；八至十二卷是论政事；十三卷论世风；十四、十五卷论礼制；十六、十七卷论科举；十八至二十一卷论艺文；二十二至二十四卷论名义；二十五卷论古事真妄；二十六卷论史法；二十七卷论注书；二十八卷论杂事；二十九卷论兵及外国事；三十卷论天象术数；三十一卷论地理；三十二卷杂考证。《四库全书总目提要》说道：“亭林学有本原，博赡而能通贯。每一事必详其始末，参以证佐，而后笔之于书，故引据浩繁而牴牾者少；非如杨慎、焦竑诸人，偶然涉猎，得一义之异同，知其一而不知其二者。”黄汝成集释本最好。
《音学五书》三十八卷 此书凡分五部：一、《古音表》三卷；二、《易音》三卷；三、《诗本音》十卷；四、《唐韵正》二十卷；五、《音论》三卷。其《自序》说道：“此道之亡，盖二千有余岁矣。炎武潜心有年，既得广韵之书，乃始发悟于中而旁通其说。于是，据唐人以正宋人之失，据古经以正沈氏、唐人之失……自是六经之文乃可读。”又《与人书二十五》说道：“某自五十以后，于音学深有所得，为《五书》以续三百篇以来久绝之传。”可见这书也是他的得意之作。
《天下郡国利病书》一百二十卷 此书是取史书、实录、图经、说部、文编、邸抄凡有关于国计民生的，随读随录；并以游历时实地的观察斟酌损益，凡二十年得到的结果。规模极大只可惜没有成为定稿。
《肇域志》一百卷 这书是《利病书》的副产品，于考索利病之余，参合图经而成的。没有刻。
《金石文字记》六卷 亭林性好金石碑版的文字，到处搜访。说：“在汉唐以前者，足与古经相参考；唐以后者，亦足与诸史相证明。”此书所录汉以后碑刻共三百余种；每种各缀跋语，述其本末、源流，辨其伪误，极为精核。
《求古录》此书所录，上自汉《曹全碑》，下至明建文《霍山碑》五十六种，均为当时拓本、文集所没有的。所录都是全文，并加以注释、考证。
《石经考》一卷 《四库全书提要》说道：“炎武此书博列众说，互相参校。其中，如据《卫恒书势》以为《三字石经》非邯郸淳所书；又据《周书·宣帝纪》《隋书·刘焯传》以正《经籍志》自邺载入长安之误，尤为发前人所未发。”
《左传杜解补正》三卷 这书是博考古代各种书籍，以补正杜预《集解》的阙失的。有张又南刻本。
《九经误字》一卷 这是根据《石经》及各种旧刻，以勘正监本及坊刻本的误字的。
《韵补正》一卷 这书取宋吴棫《韵补》，于古音叶读之舛误，今韵通用之乖方，各为别白注之，以见其得失。
《历代帝王宅京记》二十卷 此书所录为历代建都之制。前二卷为总论；后十八卷详载城郭宫室、都邑、寺观等建置的本末、事迹。征引考据，极为精博。