“我们有天皇的诏书在手，真是出师有名啊！”一个武士十分得意。“对！有这份诏书，看德川庆喜还有什么诡计！”另一个也信心十足。正时，门外突然闯进一个宫廷侍卫，气喘吁吁地说道：“诸位大人，德川庆喜刚刚见过天皇，主动请求辞去将军的职位，把政权交还给天皇了！”
原来，德川庆喜得到风声，觉着形势对自己不利，决定先发制人，主动辞职，以免与改革派正面冲突。西南各诸侯怎能相信德川庆喜会轻易把政权交出，立刻就看出这是对方的缓兵之计。大家讨论一番，一致同意以武力解决问题，给德川庆喜一个措手不及。
所以，他们调兵遣将，很快把自己的部队调集到京都附近，一场宫廷政变正在酝酿中。
1868年1月3日，西南各诸侯率兵包围皇宫，解除德川幕府驻后宫警卫队的武装。年少的明治天皇被他们簇拥着，召开御前会议，宣布“王政复古”，大权全归天皇掌握。明治天皇随即颁布诏书，决定建立由他领导的新的中央政府，并委派西乡隆盛和大久保利通这些改革派主管政事。
德川庆喜连夜逃出京都，退居大阪，集中了全部兵力，杀气腾腾地向京都进犯。他们打着的旗号是“解救天皇，清除奸臣”，兵分两路，准备夹击京都。
大久保利通、西乡隆盛、木户孝允寿人以萨摩，长州、安艺诸藩的武装，在京都附近的鸟羽、优见两地迎击幕府军。明治天皇亲自到阵前督战，大村益次郎率领的5000名装备精良的政府军，早已占据有利地形，架起了巨炮，静等幕府军到来。
半夜，两军相遇，双方展开了大激斗，炮声隆隆，杀声震天。幕府军虽然人数众多，但军心涣散，士气不振，刚一接触，便四处溃逃。而政府军却斗志旺盛，越战越勇。
这个时候，改革派还提出“减免租税”、“四民平等”口号，把农民和商人都争取到自己一边，以振己势。因此，由三井等富商资助的各种军用物资，源源不断地由市民群众送到前线，并有许多市民找出土枪、土炮直接参战。幕府军早已不得人心，面对铺天盖地而来的政府军和百姓，早已吓得惊慌失措，纷纷投降。德川庆喜看到大势已去，长叹一声仓惶撤退，逃到江户。
政府军不给对方以喘息的机会，追击幕府残军，迅即包围江户。德川庆喜看到自己的军队已经瓦解，江户的居民又不拥护自己，再战只有死路在面前，于是决定放下武器，向天皇投降。随后，政府军便开进江户，如此这般，统治日本长达200多年之久的德川幕府垮台了。
1868年3、4月间，明治政府先后颁布了《五条誓文》和《政体书》，从而提出推行资本主义新政的基本方针，从1868年创1873年，维新运动大刀阔斧地开始了。
维新运动的主要内容是，收回封建地主领地、取消封建身份级制、扶植资本主义工商业、破除封建主义旧文化。这些改革措施有利于发展资本主义，使日本走上了资本主义道路，摆脱了沦为殖民地的危机，由一个落后的封建国家，逐步转变为独立的资本主义强国。
但是由于当时日本资本主义的发展水平不高，资产阶级的力量较为软弱，尚未形成独立的政治力量，因而国家的领导权落在中下级武士手中，他们虽然资产阶级化了，但浓厚的封建主义因素仍保留着，使它日后逐步发展成为军事封建的帝国主义。