当时，台城内有名将羊侃死守，叛军屡攻不下，侯景惟恐各地援军赶来“勤王”，急令纵火焚城，大火又被守城梁军浇灭。侯景又改用“木驴”爬城，也被城中砸垮焚毁。篡位心切的萧正德见台城屡攻不下，干脆另寻一处作皇宫，宣布登基，侯景受封为丞相。对此，侯景一时无暇顾及，只图攻下台城。末了，他采取攻心战术，派人四处传播：“梁武帝偏袒诸王，掠刮民脂。”并说他出兵“悉为百姓作主，无意灭梁”，还让刚称帝的萧正德作证。同时，侯景宣布将奴隶释为平民，给以自由。这几招果然奏效。叛军把台城围困了一百三十天。城里粮食断绝，军士连死带病，疲惫至极，那些士族纨子弟更是经不住煎熬。正平二年（549年），台城终被侯景攻破。
攻破台城后，萧正德按事先与侯景的约定，亲自操刀赶来杀梁武帝和不久前立的太子萧纲，可侯景翻脸不认前账，他不仅不许萧正德动手，还指责他僭位，宣布废除。萧正德空喜一场，转而生恨，于是计议暗中派人到外地去招兵买马，企图卷土重来。不料侯景早有防备，不待萧正德行动，就将他擒获吊死了。侯景进宫朝见梁武帝，自封为都督中外军事、录尚书事等头衔，宣布执掌梁朝军政大权。梁武帝已年高八十六，老得不能动弹，眼见侯景胡作非为，唯有念“阿弥陀佛”。他又遭侯景软禁，茶饭不齐，想讨口水喝也不可得，只能连呼“嗬……嗬”，不多日便病得不省人事。这位佞佛皇帝在挣扎中企求神灵护佑，却不见神灵相助，在绝望声中死去。
侯景又推出萧纲当皇帝，没多久将他废杀。之后，又立萧栋。到公元551年，侯景终于公开逼迫萧栋“禅位”，粉墨登场，自立为汉帝。
就在同一年，侯景的军队进攻江陵受挫。次年，梁朝大将陈霸先、王僧辩等，乘胜顺江东下，再败侯景于建康。
侯景见大势不妙，带数十名心腹，匆忙乘船由渎（今上海市）出海，试图北上。梁朝大将羊侃之子羊交烊氪中，指挥舵手悄悄将船驶回京口（今江苏镇江市）。船至胡豆州（今镇江市北），侯景始觉航线不对，正欲跳水逃亡，羊皆缬凶急福举剑将侯景刺死。扰害梁朝三年多的侯景之乱，至此告终。
侯景的叛乱给社会造成严重破坏，给人民带来极大痛苦。侯景叛军初攻台城时，城内尚有男女十多万人，城破之日，仅剩下二三千人，城内“横尸重沓（层层堆积），血汁飘流，无法行路”。侯景入城，聚尸焚烧，“烟气张天，臭闻数十里”。侯景在石头城设下了大舂碓，逮住反对他的人，便投入碓中捣死。他每次出兵，都告诫部下：“要杀光不留，使天下人知道我的威风！”昔日拥有二十八万多户的繁华都城建康，经过侯景洗劫而化成一片废墟。侯景攻取建康后，曾分兵攻略吴郡、会稽、广陵等地，一路烧杀劫抢，把个号称“最为富庶”的三吴地区，破坏得残败不堪。长江下游地区，呈现出“千里绝烟，人迹罕见，白骨成聚，如丘陇焉”的凄凉景象。叛军攻破广陵后，把祖皓（祖冲之的孙子）车裂处死，把全城老幼的身体一半埋在地下，一半露出地面，供他们射杀取乐。江南人民对侯景暴行，恨之入骨。这正是侯景迅速败亡的根本原因。当侯景尸体送到建康时，老百姓争相割食其肉，甚至焚骨扬灰，吃尽他苦头的民众还“以骨灰和酒饮之”。
王僧辩在建康打败侯景后，纵兵杀掠人民，使得过去日夜盼望“王师”的江南人民十分失望。后来，陈霸先率兵袭取建康，杀死王僧辩。接着他又出兵大败前来接应王僧辩的北齐军队，使东南地区暂时稳定下来。公元577年，陈霸先在建康称帝，国号为陈。陈的疆域在南朝的四个朝代中最小。地盘小的原因是在陈宣帝时，与北周争夺淮北，在战争中惨败，反而尽失淮南。它只保有长江以南的中下游地区。
陈朝的最后一位皇帝是陈叔宝，即陈后主。他整天只知与一些无耻文人饮酒赋诗，过着荒淫无耻的糜烂生活。在他的统治下，吏治十分黑暗，沉重的赋役使农民大量破产和逃亡，全国只有五十万户，比孙吴灭亡时还减少了两万户。公元588年，隋文帝集结五十多万兵力，分八路伐陈。次年隋军攻克建康，陈叔宝走投无路，只好躲在一个枯井里，后来被俘到长安，还是天天喝酒，吃驴肉，并厚颜无耻地讨官做。隋文帝骂道：“叔宝全无心肝。”