千百年来，人们传说的华佗给关羽“刮骨疗毒”的故事，更是脍炙人口。三国初期的时候，有一次，关羽到樊城去攻打曹操，右臂被毒箭射中。后来，伤口渐渐肿大，十分疼痛，不能动弹。经诸多有名医生多方诊治，始终无效。一天，关羽和他的部将正在发愁。忽然部下前来报告，说医生华佗要进见。关羽说：“请进帐来！”
华佗进来后，关羽说：“您如果能把我的右臂治好，我是感谢不尽的。”华佗说：“我正是为治您的病才来的。办法倒是有，只是怕您忍受不了疼痛。”关羽听后笑了笑说：“我是一个久经沙场、出生入死的军人，千军万马尚且不怕，疼痛有什么了不起！”华佗说：“那就好了。您中的箭是乌头毒箭，现在毒已入骨。我准备在房梁上钉上一个铁环，把您的右臂伸进铁环中去，再把您的眼睛蒙上，然后给您动手术，割开皮肉，把骨头上的箭毒刮去。”关羽说：“不用什么铁环，你就给我治吧！”第二天，关羽设宴犒劳华佗。饮宴完毕，关羽拿出棋盘，一边和他的部下对弈，一边伸出右臂，袒着胸。华佗抽出消过毒的尖刀，割开关羽的胳膊，看到骨头已经因为毒药的缘故变成青色。他用刀“咔嚓咔嚓”地将骨头上的箭毒刮净，而后缝合复原，敷上药，包扎好。手术时，关羽疼痛难忍但一声不吭，手术后，关羽大笑而起，站起来对华佗说：“现在我的右臂不疼了，您真是妙手回春啊！”华佗说：“我一生行医，没有见过您这样沉着坚强的人，您真是大丈夫啊！”
华佗由于治学得法，医术迅速提高，名震远近。正当华佗热心在民间奉献自己的精湛医术时，崛起于中原动乱中的曹操闻而相召。原来曹操早年得了一种头风病，中年以后，日益严重。每发，心乱目眩，头痛难忍。诸医施治，疗效甚微。华佗应召前来诊视后，在曹操胸椎部的鬲俞穴进针，片刻便脑清目明，疼痛立止。曹操十分高兴。但华佗却如实相告：“您的病，乃脑部痼疾，近期难于根除，须长期攻治，逐步缓解，以求延长寿命。”华佗还接着说，要想根治，必须采用外科开颅手术的办法祛除病灶，原本就多疑的曹操听到要将自己的脑袋劈开，又想起华佗曾与关羽有过一面之缘，于是说华佗借此机会杀他，将华佗囚禁，最后还判华佗死刑，一代神医华佗就此离开人世。
华佗乐于接近群众，又精通医方药物，深得群众的信仰和爱戴。无论内、外、妇、小儿各科的疾病，华佗不过用几味药来配制汤药，心里掌握着药物的分量、比例，用不着再称量，把药煮热，就让病人服饮，同时告诉服药的禁忌或注意事项，这样差不多等到华佗一离开，病人也就好了。如果需要灸疗，也不过一两个穴位，每个穴位不过烧灸七八根艾条，病痛也就应手消除。华佗总是在下针时对病人说：“针刺感应应当延伸到某处，如果到了，请告诉我。”当病人说“已经到了”，他马上起针，神奇的是病痛也很快就痊愈了。如果病患集结郁积在体内，扎针吃药的疗效都不能奏效，应须剖开割除的，就让患者用酒服下他配制的“麻沸散”，一会儿病人就如醉死一样，毫无知觉，于是就剖开腹腔，切除患处，取出结积物，再洗涤腐秽。病患如果在肠中，就割除肠子病变部分，洗净伤口和易感染部分，然后用桑皮线缝好腹部刀口，用药膏敷上，四五天后，病就好了，不再疼痛。开刀时，病人自己并不感到疼痛，一个月之内，伤口便愈合复原了。
华佗发明的这一“麻沸散”，开创了世界麻醉药物的先例。欧美全身麻醉外科手术的记录始于18世纪初，比华佗晚一千六百余年。《世界药学史》指出阿拉伯人使用麻药可能是由中国传去，因为“中国名医华佗最精此术”。
华佗还懂得养生之道，当时的人们认为他年龄将近一百岁，可外表看上去还像壮年人一样，这和他注重锻炼养生是分不开的。他在医疗体育方面的重要贡献是他所创立的著名的五禽戏。五禽戏就是模仿五种动物的形态、动作和神态，来舒展筋骨，畅通经脉。五禽，分别为虎、鹿、熊、猿、鸟，常做五禽戏可以使手足灵活，血脉通畅，还能防病祛病。他的学生吴普桑用这种方法强身，活到了90岁还是耳聪目明，齿发坚固。五禽戏是一套使全身肌肉和关节都能得到舒展的医疗体操。华佗认为“人体欲得劳动，……血脉流通，病不得生，譬如户枢，终不朽也”。五禽戏的动作是模仿虎的扑动前肢、鹿的伸转头颈、熊的伏倒站起、猿的脚尖纵跳、鸟的展翅飞翔等。相传华佗在许昌时，天天指导许多瘦弱的人在旷地上做这个体操。他说：“大家可以经常运动，用以除疾，兼利蹄足，以当导引。体有不快，起作一禽之戏，怡而汗出，因以着粉，身体轻便而欲食。”
华佗经过不断的实践，医术达到炉火纯青的境地，他本是士人，一身书生风骨，数度婉拒为官的荐举，宁愿手捏金箍铃，在民间奔走。行医客旅中，起死回生无数。他看病不受症状表象所惑，用药精简，深谙身心交互为用，且从不滥用药物。他重视预防保健，“治人于未病”，观察自然生态，教人调息生命和谐，但对于病入膏肓的患者，则不加针药，坦然相告。华佗的精湛的医术和崇高的医德影响着一辈又一辈后人。