蒙元时期，民风剽悍。蒙古上层连年用兵，更是将战争、杀人视同儿戏。蒙古军每攻下一座城池，往往都要进行大规模的屠城。耶律楚材有仁爱之心，几次随军出征，见蒙古军滥杀无辜，百姓哀号遍野，每每以死谏阻。百姓因他而活命的，不计其数。元太宗三年（公元1231年），蒙古军将征河南，耶律楚材为保中原居民性命，上奏窝阔台将他们迁往西域开采金银、栽种葡萄。次年春，大军南征，陕洛等地人民纷纷跑到远方逃难。有蒙古贵族建议说：“这些人逼得急了就投降，缓了就逃走，不把他们杀掉，一旦为敌人所用，早晚是个祸害。”耶律楚材听后，大不以为然，极力请求召回逃难人民，让他们到蒙古军控制的州郡去种田。元太宗四年（公元1232年），蒙古军大将速不台攻打金朝开封府，即将攻下开封城时，速不台派人向窝阔台汗奏请说：“金人抗拒持久，以致我军死伤惨重。城破之日，请求屠城。”耶律楚材听说后，忙向窝阔台汗劝谏：“我军将士在外征战数十年，想要的不过是土地和人民。如今有了土地，却没有人民，又有什么用处呢？”窝阔台汗听后仍犹豫不决。耶律楚材见状便进一步劝谏道：“城中不乏能工巧匠和富贵之家。如果把他们全都杀了，我们岂不是一无所获，那这个仗岂不是白打了。”窝阔台汗点头称是，于是诏命：“除金朝皇族完颜氏其罪不赦外，其余商贾百姓一概不予追究。”避乱城中的一百四十七万男女老幼，由此免遭丧命之虞。此后，蒙古又几次对南宋用兵。攻取淮汉诸城时，只诛“首恶”，不再“屠城”，渐成定例。除此之外，耶律楚材还谏阻蒙古人改中原农田为牧场，掠中原百姓为俘虏。这为保全中原先进的经济、文化做出了很大的贡献。
耶律楚材为蒙古效力日久，几次以“马上可得天下，但马上不可以治天下”的道理劝谏窝阔台汗，请求试用儒臣、试行汉法仁政。当时，蒙古建国不久，诸事革创，百端待举，耶律楚材在立朝仪、定制度、议礼乐，在政治、经济、文化各方面都有创建。耶律楚材从成吉思汗至窝阔台汗，受重用三十多年，国家的典章制度大多由他拟定。为了敦风厉俗、传扬汉学文化，耶律楚材还编印儒家经典书籍。一时间，四海承风，政令教化通行于天下。蒙古上层也在耶律楚材的感化和影响下，开始在重视斩将折旗的武将的同时，日益关注儒臣在国家治理中的作用。
蒙古攻下汴京时，耶律楚材在城中求得孔子的五十一代孙孔元措，让他袭封“衍圣公”，并许以世代传袭，以示尊崇。元太宗九年（公元1237年），耶律楚材更以“制器者必用良工，守成者必用儒臣”为由，建议窝阔台汗“用儒术选士”，恢复唐宋以来的科举考试。这年八月，窝阔台汗听取耶律楚材建议，命令宣德州课使刘中等人以经义、辞赋、论三科，在各地考试取士。并特意恩准被蒙古贵族俘虏为奴的儒士参加，明令主人不得压制。单此一次考试，就得儒士四千余人，其中昨日还为奴隶之身的儒士就占了四分之一。庞大的儒生队伍从此参与到国家治理之中，直接改善了蒙古政权的官员结构，对蒙古政权由武功到文治的转变，对于以后元朝的统一、特别是一向疏于文教的蒙古族历史的发展，起到了极为重要的作用。
谦谦君子，卑以自牧。耶律楚材虽有功于社稷，但从不骄傲自得。如遇夸赞，也从不自鸣得意。窝阔台汗一次曾褒扬他说：“你没离我的左右，却使国用充足，四海升平。别的地方也有你这样的人才吗？”耶律楚材款款答道：“其他地方有很多比我优秀的大臣。臣不才，所以才留守燕京。”窝阔台汗不料想耶律楚材竟然如此谦逊，欣喜之下亲自赐酒给他，当日即拜他为中书令（宰相）。以后事无巨细，都交耶律楚材裁夺。耶律楚材不负窝阔台汗所望，果然将朝政治理得条条是道，百官皆服。元太宗八年（公元1236年）春，窝阔台汗宴请西域诸国及高丽使者，指着耶律楚材问他们说：“你们国内也有这种人才吗？”各国来使连忙推说：“耶律中书令堪称神人，我们国家当然没有这样的人才。”窝阔台汗听后，心中大喜道：“我猜你们也不可能有这等人才。”席间，他亲自举杯为耶律楚材赐酒。并说：“我之所以如此信任你，乃是遵照先帝遗命。如果没有你，中原就不会有今日。如果不是你的功劳，我也不能这般高枕无忧。”