包拯一生中很长时间是担任掌有实际办案权的要员。他曾经亲手处理不少案件，为百姓审清很多冤案，讨回公道。嘉祐元年（公元1056年）十二月，包拯第三次奉调入京，“以刑部郎中权知开封府事”。开封府是当时京师所在地，皇亲国戚、宦官权贵众多。他们直通皇帝，有后台，有靠山，政令不易推行。据史书记载，在北宋的一百多年中，担任开封知府的有180余人，人事更动频繁，反映出京官难当的事实。包拯到开封府上任后，所做的第一件事就是改革不合理的诉讼程序。原来百姓申诉，须把状纸先递交给门牌司，有人就从中勒索钱财，营私舞弊。包拯取消这一程序，衙门大开，使百姓能直接向他递交状纸辨明曲直，这样，有理无钱的黎民百姓就能申冤雪恨了。
包拯平日常板着面孔，难得一笑，但执法非常严明，心中始终装着老百姓。包公到任后的第二年，流经开封的惠民河暴涨，洪水淹没了大批民房。包拯视察灾情时，发现许多达官贵人在河边建有私家花园，楼台亭阁水榭触目皆是，两岸伸延而出的地基和建筑物使河道变窄，导致水流不畅，泛滥成灾。包拯要求他们拆除“违章建筑”，但这些官宦人家借口有地契不拆。包拯经核查发现他们的地契全都是弄虚作假，就当场命令立即拆除，而且把这些人的名单一一上报朝廷，追究其罪或撤销其官职。
如果说弹劾不法的皇亲国戚、杜绝外戚窃权的通路和避免外戚擅权的悲剧，是包拯从政的一大历史功绩，那么，大力平反冤案则是包拯生前与死后深为百姓称颂的又一大功劳。担任荆湖南路转运使的王逵，竟然非法预征数十年的徭役，并且限令百姓折交现金。有人变卖房屋典押田地亦无法缴足这笔钱，王逵就规定其佃户赔纳。这样一来，有的逃进深山老林，有的聚众揭竿反抗。一些州县小官稍有不从命的，王逵就对他们施以酷刑，被其迫害致死者“难以数计”。消息传到京城，王逵怀疑是洪州前任知州卞咸在告发他，于是指使爪牙诬告卞咸，为此受到株连的人竟达五六百。包拯闻知这起骇人听闻的大冤案，震怒之极，他向宋仁宗一连递交七道奏折，在奏折里详细列举了王逵的罪行，无情揭发，无所畏惧，主张依法严惩。在包拯披肝沥胆、舍命直谏之下，宋仁宗终于被感动，下诏细查严办，这一惊天冤案才总算得以昭雪。
庆历年间，中央掌握司法大权的审刑院、大理寺收到的案件年年有增，其中有相当一部分是捏造事实、诬陷忠良和屈打成招的，冤假错案因此与日俱增。许多孤弱无援的百姓往往惨遭重刑，而一些豪强刁民却逍遥法外。包拯针对这种社会现象，竭力主张平反冤狱，发挥监察机关的权力，几次在奏疏中深刻地揭示出酷吏的作弊和造成危害的严重性，同时还具体提出了纠正酷吏弊端和避免冤假错案的办法。他建议精选一批清廉能干的官吏去代替那些苛刻、残忍的转运使和提点刑狱，使那些酷吏不能再继续为所欲为。这次宋仁宗很快采纳了包拯的办法，从而有力地制止了酷吏的舞弊行为，降低了产生冤假错案的概率。
包拯为民申冤的思想和行为，虽然在整个封建社会只是凤毛麟角，但犹如长夜之光、久旱之霖，是民众急切盼望的。今天，开封的包公祠大殿正中高悬着“铁面无私”的匾额，两侧陈列着妇孺皆知的三口铜铡和一组塑像——包拯左手高托乌纱帽，右手直指浑身颤抖、恐惧万状的赵王，看了这不徇私情、勇铡奸逆、为民除害的情景，凡有正义感的人都会感到痛快而荡气回肠。包拯任开封知府只有一年多时间，但在开封人民心中留下了极为深刻的印象，这座祠堂就是包拯逝世后不久，开封百姓为纪念他而特意建造的。
包拯为官二十余年，宋仁宗时又高居宰相之职，但他严于律己，清廉正直，十分注意砥砺名节。端砚从唐代以来即负盛名，早有“端州石砚人间重”的诗句流传于世。至宋代，端砚更加名贵，已成为朝廷贡品。历任端州知州都要在完成贡品定额外，再强令砚工生产出比定额多数十倍的端砚，或贪污勒索，中饱私囊；或用以赠送朝中权贵，博取仕进。包拯上任后，一扫前任额外多征贡砚之陋习，命砚工按照进贡实数制作交纳，深受百姓欢迎，包公离任后，当地砚工精制一方好砚要赠送给他，被他婉言谢绝。包拯酷爱书法，以知州之尊，又为当地百姓做了好事，连作为纪念品的一个砚台也不收受，这一举动不仅与其时历任官员相比判若泾渭，即使对今天的社会来说，仍具有现实意义和醒世作用。