为了加强专制主义中央集权统治，维护满洲皇帝和贵族在全国的统治地位，清统治者对于集团内部任何反满的思想和活动，都采取镇压措施。在康熙、雍正、乾隆三朝，清统治者大兴文字狱，据历史记载有七八十起之多。
“避席畏闻文字狱，著书都为稻粱谋”。清代著名诗人龚自珍的警句是对清代知识分子的奉劝，奉劝他们不要涉及政治，否则大祸临头。
康熙二年（1663年），浙江湖州富户庄廷缈刻了朱国桢编写的明史，又请人增添了明末天启、崇祯两朝事，其中多有指斥满洲的文句，这本来是写史传统，称为“秉笔直书”，但被人告发。清政府把已死的庄廷缈棺戳尸，写序、刻印、校对、卖书、藏书的人被杀掉达七十二人之多，充军的达数百人。原是年羹尧秘书的汪景祺，他在《读书堂西征随笔》中说功臣不可当，树大招风，又说康熙“皇帝挥笔不值钱”。雍正帝亲笔批旨：“悖谬狂乱，至于此极！”并立即杀汪景祺，头颅长期挂在宣武门外的菜市口，一直到雍正帝去世后，才被取下。
雍正帝对涉嫌文字“悖逆”的人还搞些恶作剧。钱名世曾师从浙东名士万斯同，才华横溢，有“江左之才”的美称。他因谄媚年羹尧，给年献诗，内有“鼎钟名勒山河誓，番藏宜刊第二碑”之句。因康熙的皇十四子胤派兵入藏平叛，康熙帝特立了“平藏碑”，当时年也参与平叛，钱认为可再刊一碑，以表年的功绩。另一首诗中有“分陕旌旗周召伯，从天鼓角汉将军”，也是吹捧年羹尧的谄媚之词。后来，年羹尧案发，雍正帝不按对钱名世案判“悖逆”办理，而是把他禁锢原籍。又御书“名教罪人”，由地方官挂在钱的家门上，使得钱名世无脸见人，虽生犹死。
查嗣庭之狱，是雍正时期文字狱的一件大案。旧传，查嗣庭主持江西乡试时，根据《易经》出了一道“维民所止”的试题，被人告发，“维止”两字是“雍正”去头，查嗣庭因此被杀。这个故事形象生动，流传很广，其实此说乃系误传。查嗣庭出的试题是《易经》的“正大而天地之情可见矣”和《诗经》的“百室盈止，妇子宁止”。雍正帝把“正”字与“止”字联系起来，认为同汪景祺说的“正字有一止之象”相同。汪景祺引前代正隆、正大、至正、正德、正统等年号，认为年号上有“正”字的皇帝都没有好结果。查嗣庭的试题，先用“正”，后用“止”，就是咒骂“雍正”年号。这样穿凿附会，构成罪状，杀害了查嗣庭。
雍正时期的几次文字狱，雍正皇帝不仅用血腥的屠杀加强对文化思想的控制，而且还亲自著书来驳斥反对者。生员陆生枳鳌斗饨论》，反对清朝的专制统治，企图恢复三代的“封建”，雍正帝就作《驳封建论》，他说：“中国之一统始于秦，塞外之统始于元，而极盛于我朝，此皆天时人事之自然，岂人力所能强乎!”浙东有名的道学先生吕留良，具有浓厚的反清意识，他反对专制政治，主张君臣的关系应如朋友，又主张严“华夷”之别。吕留良死后，其弟子曾静等人皆奉其说，并广为传播。雍正帝就撰录了《大义觉迷录》一书，颁行天下，他在书中强调“华夷无别”，他还下诏谕说：“天无二日，民无二主，乃天经地义。”不仅如此，雍正帝还把吕留良开棺戳尸，族人皆斩首，孙辈流放，有牵连的人大多杀头。
乾隆朝的文字狱，仅大案就有数十起之多。当时，文网严密，凡诗文中被认为有不满清朝统治、不敬皇帝的地方，其作者都会遭到杀身之祸。
内阁学士胡中藻在《坚磨生诗钞》中有一句“一把心肠论浊清”，乾隆帝认为在国号之前加“浊”，是别有用心。又摘出“老佛如今无病病，朝门闻说不开开”之句，说“这更是奇谈怪论，哪里有朝门不开的情景”。他还认为胡中藻出的试题“乾三爻不像龙”，是攻击他不配当天子。于是下旨处死胡中藻，族人年十六岁以上斩首。
乾隆四十二年，江西举人王锡侯撰《字贯》一书，用意在纠正《康熙字典》的错误。不料删改“钦定”的书便是“大逆不道”，加上凡例中提到玄烨、胤的庙号及弘历的名字没有避讳，竟被斩决。当地有关官员如巡抚等也因失察而被革职。
乾隆四十三年，浙东举人徐一夔因其《一柱楼诗集》中有“大明天子重相见，且把壶儿搁半边”、“明朝期振翮，一举去清都”等句被揭发，乾隆帝认为他显然有灭清复明的思想。徐一夔被戮尸，子孙一律处死，校对诗集的人也被斩首。已死的礼部尚书沈德潜，曾为徐一夔作过传，因此其牌位从贤良祠中撤出，御赐的碑文也被毁。
还有一人写诗说：“清风不识字，何必乱翻书。”结果被诬告说是攻击清王朝当权者不懂汉文化，也判死罪。朝廷规定，不论诗、文，只要有“夷”、“胡”等字眼，就得治罪。
清代知识分子中，也有人的确是对清朝不满，意存讽刺，例如松江人蔡显著作中引前人《紫牡丹诗》“夺朱非正色，异种也称王”，这两句从种族观点出发，敌视清朝十分明显。有的则因私欲不满，发点牢骚，或对皇帝有所要求。一个深受旧小说影响的读书人上书给乾隆帝要求钦赐与表妹结婚，竟也被列入文字狱而受刑。这件事在鲁迅的杂文中被特别提到。有的文字狱根本不是反清，仅仅因为要讨好皇帝，拍马而不得其术，逢君之怒，就被判刑。
清朝统治阶级大兴文字狱，严重阻碍了进步思想的传播和科学文化的发展。当时知识分子举手投足都得小心翼翼。文人们只能采取“避世”的治学方法，这样使得清朝的政治局面和学术思想越来越僵化。而这一时期，恰恰是西方资本主义国家迅速发展的时期。中国社会的发展同西方相比，已经处在落后的地位。