我国西南地区历来是少数民族的聚居之地，元明以来在那里设有土司制度。土司虽然接受皇帝封赐的官爵名号，但他们割据一方，不受管辖，统治权世袭继承。土官则是按汉族地区行政制度设立的府、州、县，委派少数民族头人充任土知府、土知州、土知县等土官。这些头人挂土官之名，而行土司之实。土司制度在建立初期，因西南少数民族地区经济落后，社会发展缓慢，中央政府又一时鞭长莫及，设立土司制度有其必要性，并已取得一定成效。随着社会经济的日益发展，这一制度一方面阻碍了少数民族地区社会生产的发展；另一方面，与国家统一的要求也不相合。尤其是明末以来汉族人大量进入西南地区，与少数民族共同进行生产劳动和参与社会活动，从而形成一股冲击土司制度的力量。土司制度已落后、腐朽。
雍正四年（1726年）云贵总督鄂尔泰奏请废除土司制度，将少数民族人民归于清朝官员（流官）直接统治。雍正皇帝准奏，并委任鄂尔泰总督云南、贵州、广西三省，办理西南地区的“改土归流”事务。
鄂尔泰领旨，大力推行“改土归流”政策。当时的乌蒙、镇雄、东川等土司地属四川。鄂尔泰将三地改属云南管辖。乌蒙土司的钱粮不过三百两，却向土民榨取上百倍财物。他们向土民一年四小派，三年一大派，横征暴敛。土司儿子娶亲，所有土民三年之内都不得结婚。土民有罪被杀，其亲族还要出几十两银子作垫刀费。东川虽派有“流官”，但由于土目盘踞，使得四百里方圆的肥沃土地，无人敢去开垦耕种。鄂尔泰首先革除东川土目，然后招抚乌蒙和镇雄掌握兵权的禄鼎坤和陇联星，打败土知府禄万钟和陇庆侯，设立乌蒙府和镇雄州，派遣“流官”和军队坐镇，然后着手解决遍布云南的土司、土官。
云南为清朝“改土归流”的重点地区，斗争也最为激烈。鄂尔泰将镇源、沾益州、赭乐、威远、广南等地土官及土目革职，委派同知刘洪度暂管镇源府，刁氏土目不肯交出所占民田，并煽动威远彝人杀死刘洪度。清朝派兵稳住局势，将已革土司、土目全部移往外省安置，然后进军猛养等地。此后，云南全省除澜沧江外车里等地保留土司外，其余土司全部归“流”，派兵驻守。
贵州原有以古州为中心的三千里苗疆、一千三百多处苗寨、十万多苗人不属清朝管辖。他们不仅收留汉人，也窝藏犯罪的苗人。该地土肥物阜，长期闭塞于西南一隅，既违背苗族政治经济发展趋势，又阻隔楚粤客商往来，妨碍物资流通。此地“改土归流”既可增加清廷的税收，也便利各族民众经济、文化的交流。
鄂尔泰还派兵进攻广顺、长寨，招抚了三千多名苗人和布依人，强迫他们剃发易服，推行保甲制度，稽查户口，并派兵扼守险要。在鄂尔泰的军事压力和招抚分化下，广顺、定番、镇宁、永宁、永丰、安顺等地一千多处苗寨相继归顺。鄂尔泰即令清军随即向黔东苗岭山区和清水江、都江流域推进，占领古州（今榕今江）、台拱（今台江）、清江（今剑河）、都江、丹江（今雷山）、八寨（今丹寨）等地，对苗疆进行有效统治。
广西主要为壮族聚居区，其时全省有土官一百五十多人，以泗城土知府岑映宸最为强横，经常派人四出抢掠。鄂尔泰令人强迫岑映宸交出敕印，迁往浙江安置。思明州土知府黄观珠无力管束各寨头人，主动请求将洞郎等五十村寨改为“流官”管辖。柳州、思恩、庆远等地土民不能忍受土目的压榨，风闻“改土归流”消息后立即争相请兵，土目被迫缴械。鄂尔泰将全区大部分州县的土司、土目都改为“流官”。
雍正时期的改土归流，历时五年，在云南、贵州、四川、广西、湖广五省地区，实现改土归流的达三百零九处之多。在改土归流进程中，一面招抚，一面对敢于以武力抗拒的土司，坚决用武力镇压。用兵之地，无辜人民惨遭杀害的为数很多。“改土归流”消除了土司的割据状态，维护了国家的统一，有利于各民族经济文化的交流，对加强中央与西南地区的联系具有积极的意义。