在阶级社会中，新的生产关系可以在旧的社会形态中萌芽、成长，逐渐取代旧的生产关系，从而改变社会的性质。在我国明朝中期，新兴的资本主义生产关系也在封建社会内部逐渐形成。由于它占的比重很小，还被包围在封建制的汪洋大海中，我们把它称为资本主义生产关系的萌芽。这种新的生产关系在明中期以后虽有发展，但由于我国的特殊情况，没有像欧洲各国那样，最终取代了封建制进入资本主义社会。
在明朝的嘉靖、万历年间，我国就出现了资本主义生产关系的萌芽，其中以东南沿海地区的苏州、杭州、松江等地的丝织业和棉纺织业较为明显。那时，在这些地区手工业商品经济特别发达，手工业工场发展很快。手工业工场和手工业作坊虽然生产方式一样，但本质差别很大。作坊主是师傅，他与学徒、帮工共同劳动，是小业主性质；而手工业工场主则拥有资本，置备场所、工具、原料，雇用工人来替他生产。工场主依靠剥削手工业工人发财致富，手工业工人靠出卖廉价的劳动力来换取生活必需品。这样的手工业工场就具有资本主义生产关系最根本的特征，即私人占有生产资料，剥削出卖劳动力的雇用工人。当时我国的丝织中心苏州，据《万历实录》载：
郡城之东，皆习机业，机户出资，机工出力，相依为命久矣。得业则生，失业则死。染房罢而染工散者数千人；机房罢而机工散者又数千人，此皆自食其力之良民也。
这里反映的是一种具有资本主义性质的自由雇用关系，而不是过去的那种封建人身依附关系。当时苏州的大户（即资本家，或称机户）“张机为生”，小户（即机工）“趁机为活。每晨起，小户数百人，嗷嗷相聚玄庙口，听大户呼唤。日取分金为瓮餐计。大户一日之机不织则束手，小房一日不就人织则腹枵，两者相资为生久矣”。
在丝织行业中，由于两极分化而产生新的经济关系的情况也比较明显。如成化年间，杭州仁和县的张毅庵，开始时只是有一张机的个体户，但是由于产品“备极精工”，人相争购，因而获利甚丰，不久便增机二十多张，产品还是供不应求。以后子孙继业，“各富至万金”，成了规模相当大的手工业工场主了。
据明代人写的反映当时时代特征的小说《三言两拍》中说，在嘉靖年间，吴江县盛泽镇有施复夫妇，也是蚕丝业的个体户，由于蚕种拣得好，出丝量大，质地光莹，人多增价购买。施复在获利后便想扩大生产规模，怎奈家中场地过小，无法继续增机，恰好右邻因蚕桑失利，急于出脱，正凑了施复之便，不上十年，便“长有数千金家事”，“开起三四十张Щ”。施复在竞争中上升为手工业工场主，而右邻在竞争中失利。
在松江的棉纺织业中，出现了由商业资本转化为产业资本的“包买主”。浙江乌程有些商人，从别处贩运棉花回来，包给当地百姓加工成棉纱或棉布，这种资本便不单纯是商业资本了。松江西郊有很多暑袜店，供应原料给当地百姓，加工成暑袜，“从店中给筹取值”，这可以说是计件工资。这些分散的小手工业者，实际上已成了“包买主”控制下的雇用劳动者。
明中叶以后，在我国其他一些地区和一些手工行业中也出现了资本主义萌芽，但从全国范围来看，自给自足的自然经济仍然占据统治地位，这种新的经济因素非常微弱，只局限于少数地区和少数手工业部门，而且经济受到封建政府的重重压制，因此它的发展十分缓慢。其发展缓慢从根本上说来是由中国封建社会所固有的特点决定的。以一家一户为个体的农民，承受着沉重的地租剥削，生活贫苦，小农业与家庭手工业牢固地结合在一起，不易被冲破。农村市场狭小，很难形成规模，也无法扩展，这也影响到城市工商业的发展。我国封建社会长期实行“重本抑末”政策，城市工商业者没有政治地位，致使一些手工业工场主，在发财致富后，不积极扩大再生产，而是转买土地，或捐官买爵，向封建地主转化了。这些都是阻碍资本主义生产关系发展的严重障碍。