上帝看到大地上的人类德行败坏，越来越不像话，于是决定毁（ｈｕǐ）掉大地上的人类和所有的一切生物，让世界重新开始。不过，大地上有一个人上帝很喜欢，他就是诺亚。他是个好人，做事很讲良心。于是上帝对诺亚说：“人类的结局就要到了，因为他们做了很多坏事。我要把他们和大地都毁掉。但是我决定留下你们全家，让你们成为大地重新开始时的第一批人类。请你不要把这个秘密告诉别人。”
因为上帝要用洪水来淹没整个大地，所以他要诺亚建一艘大船。这只船用结实的柏木做成，内外都涂上沥（ｌì）青，这样就既防水又耐用。全船要有四百五十英尺长，七十五英尺宽，四十五英尺深。全船分上、中、下三层，每层都有舱房，门开在船的侧面，船顶有高十八英尺的透光的窗。这真是一项艰巨的工作!但是诺亚领着他的儿子们以坚定的意志来完成它。邻居们站在旁边看他们造这样一艘船，嘲笑他们说：“看啊，你们造这么大的一艘船真是可笑啊!这儿方圆千里之内没有一条河，也没有一片海洋，你们不是白费气力么？”但是诺亚一家不理睬他们，把船造好了。他们给船起名为“诺亚方舟”。
诺亚和妻子，三个儿子，三个儿媳妇都搬进了“诺亚方舟”。他们还从山里、野地时找来了各种动物，每样雌（ｃí）雄一对放进方舟去，以保存它们的生命，让洪水过后大地上能繁殖（ｆáｎｚｈí）出新的动物。他们还为自己准备了各种食物，贮（ｚｈù）存①起来当作粮食。
一切都做好后，上帝为他们关上船门。天上开始下起了倾盆大雨，地下的泉水和洪流也涌上地面，洪水一直不停，在大地上泛滥（ｆàｎｌàｎ）②了四十天，水不断地往上涨，把方舟也漂了起来。大地成了汪洋大海，连高耸入云的山峰也被洪水漫过沉入海底，树木、房屋更不用说了，早就被洪水冲得不见踪（ｚōｎɡ）影。世界上的所有生物，包括人、动物、地上的爬虫，以及空中的飞鸟，凡是能用鼻孔呼吸的生物，全都死了。只剩下诺亚一家以及船上的动物了。
雨停了，阳光照耀在汹涌的海浪上，正如世界最初被创造时的样子。诺亚小心地打开一扇窗子，只见他的船安稳地漂在无边无际的汪洋上，四周没有一片陆地，甚至没有一个岛屿。
上帝又让强风吹扫大地，水便逐渐消退了。诺亚看到高山的顶端都露出来了，又过了一些天，他放出了一只乌鸦，结果它飞了回来。他又送出一只鸽子，因为鸽子是鸟中最耐飞的。可惜鸽子飞了很久也找不着一枝可以栖息的树枝，它只好又飞了回来，诺亚把它带进方舟去。
诺亚等了七天后，又放出了一只鸽子。到了黄昏的时候，鸽子飞回来了，嘴里衔着一片新鲜的橄榄叶。诺亚知道水已经退了，又过了七天，他再放出鸽子，这次鸽子不回来了，诺亚知道这是好消息。
过了几天，诺亚的船停在了一个山顶上，又过了一些天，地上的水都退干了。诺亚开门观望，大地全干了。于是，诺亚一家走出方舟来。那些动物也被放了出来。
动物在大地上开始繁殖生长，诺亚一家们又重新开始生活。诺亚活了好几百岁。他开垦了一个葡萄园，他的子孙们有的做农民，有的做牧人，他过着太平、幸福的生活。