大禹还得到其他神灵的帮助，如黄河之神河伯，化身为人面鱼身白脸的样子，给大禹送来一幅治水的地图。在开凿龙门山时，大禹走进一个又黑又深的山洞，见到了人面蛇身的伏羲。伏羲送了一块玉简给大禹作测量工具。有这样两件宝物在手，大禹的治水工程进展大大加快。
但是，大禹也遇到了许多艰难险阻，特别是共工二世这个魔头，老是制造麻烦。大禹决定“射人先射马，擒（ｑíｎ）贼先擒王”，与共工二世进行决战。大禹一举就将他打败了，直把共工二世吓得连滚带爬，做起了缩头乌龟，不敢再轻易出来兴风作浪，为害人间了。
而共工二世的手下相繇（ｙáｏ）很不服气。相繇是一条九头巨蛇，人首而蟒（ｍǎｎɡ）身。它常常同时张开九张大嘴，吞尽九座大山的动物，啃（ｋěｎ）光九座大山的植物。它游到哪里，哪里就会变成一片沼泽（ｚｈǎｏｚé），而且里面的水又苦又辣，人要是喝了的话，就会丢掉性命；其他的动物，就连它的同类蟒蛇也不敢靠近。
九头蛇相繇找到大禹后，便发动水攻。谁知，大禹早有准备，取出息壤一撒，水长多快，土就长多快。大禹轻松地把相繇镇住了。大禹瞄准一个机会，抡起开山斧，一口气连斩相繇的九颗头颅。九股污血从相繇的断颈处喷涌而出，竟汇（ｈｕì）集成一个血的沼泽，腥（ｘīｎɡ）臭冲天，不仅不能住人，连庄稼也不能生长。大禹赶紧用息壤去填塞，不想填了三次，三次都陷了下去。大禹索性把这个地方围成一个大池子，并在那里建了一座祭坛，祭祀五方的帝君。
大禹治水的时候，总是身先士卒，。他头戴蓑笠（ｓｕōｌì），手拿畚箕（ｂěｎｊī），顶狂风冒大雨，冲在抗洪第一线。他曾经几次从自己家门经过，听到孩子们在屋里哇哇地啼哭，老婆在边上唉声叹气，他都硬着心肠，忍着思念，不进屋去看看。他手上脚上磨出了厚厚的一层茧子，指甲也磨得光光的，小腿肚长期浸(jin)泡在泥水里，连毛也不长一根。
他对手下人严格纪律，赏罚分明。传说他在会稽山召集各部首领开会，有个叫防风氏的部下姗（ｓｈāｎ）姗来迟了。大禹大怒，下令军法处治，立即斩首示众。据说行刑的时候，特别花了一番功夫。因为防风氏是个巨人，又高又大，刽（ɡｕì）子手的头还够不着防风氏的大腿。大禹只好派人搭建了一座高台，作为“刑台”。把防风氏绑缚（ｆù）在台下，身强力壮的刽子手沿着长梯子爬上刑台，这才刚刚够着防风氏的脖子，用一把无比锋利的大刀，将防风氏的巨大头颅（ｌú）砍了下来。防风氏被杀后，他的一节骨头就装满了整整一车子。
后来，大禹到防风国明察暗访，才知道防风氏死的十分冤枉。原来防风氏在赴会途中，正碰上洪峰来临。他忙着去营救落水的百姓，抢救水中的财物，因此精疲力竭，还误了会期。大禹后悔莫及，怪自己当时没有给防风氏申辩的机会，就鲁莽（ｍǎｎɡ）地错杀了一员好将。大禹于是下令赦（ｓｈè）封防风氏为“灵德明王”，为他修建“防风祠（ｃí）”，供奉防风氏的神像牌位，每年春秋两季举行大祭。大禹还参加了第一次祭祀仪式。在防风国的所在地，至今还流传着祭祀防风氏的风俗：用三尺长的竹子做成一种乐器，吹奏防风古乐，那声音就像怪兽在呜呜嗥(hao)叫；然后大群披散着头发的人跳起一种特别的祭祀舞蹈。
大禹治水过程中，曾几次到过桐柏山，视察淮（ｈｕáｉ）河。他看到河堤刚修好就被冲垮了，急忙召来四方的山神问个究竟。众山神说：“这里有条五丈长的水蛟，名叫无支祁（ｑí），成精作怪，很有些本事的。”大禹说：“只要是做了伤天害理的事儿，与人民为敌，我就决不饶他！”话音刚落，一条大蛟从水中蹦出来，变成一个猿猴模样，白脑袋、长头发、金牙雪爪。他两眼一睁，发出五彩金光来，大嘴一咧，露出三尺獠（ｌｉáｏ）牙。他走到大禹面前，吐出五尺长的带刺的舌头，伸向大禹。大禹抖擞精神，拔出屠龙宝剑，迎面一挥，顿时金光万道。无支祁一看，竟是他的克星，心知不妙，赶忙脚底抹油，溜之大吉。大禹怎能姑息养奸，留下后患。他赶上前去，抓住无支祁，挥剑就砍掉了无支祁的尾巴，然后用铁链把他的脖子牢牢锁紧，又在他的鼻子上穿上金铃，再把他锁在淮阴的龟山脚下。自此，淮河风平浪静。
经过许多年的浴血奋战、舍命拼搏，大禹克服重重艰难险阻，终于平息了洪水。为了彻底解除洪涝的威胁，大禹还带动人们开掘（ｊｕé）了三百条大河、三千条溪流、不计其数的小沟渠，从而把四夷（ｙí）九州、五湖四海都沟通起来。大禹大功告成。人们奔走相告，欢欣鼓舞，齐心协（ｘｉé）力地重建自己的家园，又过上了安居乐业的生活。
这时，舜（ｓｈùｎ）年岁已高，体弱多病。他看到大禹治水成功，受到人们的衷（ｚｈōｎɡ）心爱戴和拥（ｙōｎɡ）护，就把帝位禅（ｓｈàｎ）让①给了他。大禹后来做天子的时候，又为老百姓做了许多实事。