第一国际总委员会的委员以及第一国际的其他代表们感到诧异，为什么这些人专门和大多数代表们的意见相对抗？经过调查研究后，委员们知道了，这伙人都是法国第一国际支部派来的，他们都是普鲁东主义者。认清了他们的身份与目的，马克思对他们作了针锋相对的的驳斥。马克思指出，各地工人阶级的斗争，是第一国际总行动的一部分。第一国际纲领中指明了进行政治斗争的必要，不进行政治斗争，就无法赢得被压迫的无产阶级的彻底解放。政治斗争是第一国际的主要任务，今后依然要全力支持各国工人的政治斗争。至于支援波兰工人的斗争，实际上也是第一国际争取民族解放的主要任务中的一部分，第一国际就是要反对专制政府，反对剥削制度，求得被压迫者的彻底解放，实现人人平等的大同世界。
经过斗争，大会代表一致通过了支持波兰工人的决议。普鲁东主义者失败了。但象所有失败者一样，普鲁东主义者并不甘心，他们在会议上又提出了一个荒谬的问题。他们说，第一国际是工人组织，因此，应该全部由体力劳动者参加，不应该让脑力劳动者参加。他们这样说的目的，是想挤走马克思、恩格斯等人，因为他们都是知识分子。
马克思又痛斥了这种思想，指出拒绝一切知识分子就是不要知识作指导，那么，工人运动就会变成蛮干，结果注定是失败。在全体代表的支持下，普鲁东主义者张口结舌，无言以对，他们中的不少人灰溜溜的溜走了，另有不少人脱离普鲁东主义阵营，加入了第一国际这边。
第一国际所开展的第二个斗争，是与巴枯宁主义的斗争。巴枯宁也是一个无政府主义者，曾参加过奥地利1848年革命，但被捕后三次写信给俄国沙皇，奴颜卑膝地恳求政府饶恕。以后窜到英国。加入第一国际时，把这段不光荣的历史隐瞒了。
1868年10月，巴枯宁在日内瓦瞒着第一国际，组织了一个“社会主义民主同盟”组织，大肆宣传“废除国家”、“阶级平等”、“主张个人绝对自由”等无政府主义思想，还派人到意大利、西班牙、法国等去建立支部。巴枯宁这样做的目的是想虚张声势，提高自身的威望，最后夺取第一国际的领导权。
1868年12月，他还给马克思写了一封信，说了一大堆拍马屁的话，并希望马克思接受他的“社会主义民主同盟”所有成员，集体加入第一国际。马克思接到信后，立即觉察到巴枯宁的险恶用心，于是他代表第一国际总委员会给巴枯宁写了一封回信，告诉他，第一国际本身就是一个国际组织了，其内部不能再有一个国际组织。拒绝了巴枯宁的无理要求。
巴枯宁口头表示接受，并“解散”了“社会主义民主同盟”，但他却派遣心腹以个人身份，加入第一国际，妄图找机会作怪。机会终于来了，1869年，第一国际在巴塞尔召开代表大会，巴枯宁分子便伪造了许多证件，假冒代表，试图取得多数选票，排挤马克思及总委员会主要成员。马克思发现后，立刻予以斥责，并戳穿了他们的面具。这样，巴枯宁主义者的捣乱也以失败而结束。
第一国际在斗争中不断发展壮大，更加有力地团结各国工人，支持各国无产阶级的斗争，在世界各国的工人运动中，起到了巨大的帮助。