埃赫那吞说：“僧侣的反对是意料之中的，但对我的行动如此不满却是意料之外。收回成命，他们自然满意，但我自己的面子、权威却在天下人面前丢尽了。况且僧侣们也未必就此罢休，他们心里藐视我的懦弱。既为一国之君，就该言而有信。我得罪了阿蒙神的僧侣就得罪到底，但同时也取得了阿吞神僧侣的赞同，有得必有失。而且以赫伦希布的将领为首向我表示效忠，他们不满僧侣们所做所为。有军队和手下一班人马，就不怕这帮装神弄鬼的人为所欲为。”涅菲尔提见埃赫那吞决心已定，就不再劝了。
第二天埃赫那吞当着文武百官发布命令：“由于阿吞神的感召和阿蒙神庙祭司拒不服从我的命令，自本日起关闭全国各地非阿吞神的神庙，将僧侣赶出庙门回家，还俗为民。所有公共建筑物和纪念物上的阿蒙的名字必须彻底清除。在全国各个城市必须至少建起一座阿吞神庙，各级地方官员要带头向我的父亲阿吞神献祭、宣誓、永远忠于英明、伟大的造物主阿吞。”接着，埃赫那吞又宣布：已没收的其他神庙的土地划归阿吞神庙，禁止僧侣参政。首都迁往底比斯以北300公里的希尔摩。为新都取名‘埃赫塔吞’，意为‘阿吞的地界’。让麻伊负责营建新都，赫伦希布负责取缔一切非阿吞崇拜。各级官员必须服从调遣，消极怠工或拒不服从者必严加惩处。”文武百官听罢，个个目瞪口呆。埃赫那吞视若不见，挥手道：“此令已出，无论理解无否，必须严格执行。”随后离开御座，转身退朝。
当天下午，大批军队分头查抄了底比斯的各大阿蒙神庙，强行将僧侣们赶出庙门。坚决不走的被士兵强行拖至门外。许多僧侣背着行李卷离开多年生活的庙宇时内心十分痛苦，心里痛骂埃赫那吞。阿吞庙的僧侣则轻松愉快，接管了阿蒙神庙的大批田产、奴隶和其它财产。
埃赫那吞在位第六年，动员几十万劳工建设的新都埃赫塔吞落成，包括宏伟的王宫、高官显贵的住宅、可与底比斯阿蒙神庙媲美的阿吞神庙、部队营房。埃赫那吞由祭司选出个良辰吉日，率领满朝文武官员，并带各自家眷奴仆，以及保卫京师的卫戍部队，声势浩大地迁往新都。
埃赫那吞迁入新宫后便无心朝政，整日陶醉在宗教生活和宫廷生活中，政事由麻伊掌管，军事托付给赫伦希布。这两个人因为与阿蒙僧侣贵族有利害冲突，因而很是卖力。埃赫那吞本人则疏于朝政，对下放松监督，于是统治日益松弛，国家机制退化，管理日渐散乱。
底比斯的僧侣仍然定期结集，举行向阿蒙神的献祭活动。起初，各个城市的长官还严办违令者，但久禁不止之后也就索性睁一眼闭一眼，更关心的是中饱私囊了。老百姓遭受租税和服劳役的双重压迫，十分不满。新王国充满了危机，但埃赫那吞却脱离现实，继续生活在他自己的理想境界当中。他自认为是阿吞神同人间联系的唯一使者，夫妇两人每日上午带着子女去神庙祷告、献祭，下午便呆在宫内玩乐。
埃赫那吞酷爱颂歌和雕刻艺术，麻伊为首的一帮文人投其所好，创造出一首首吹捧阿吞和法老的诗，例如：“由于您的英明，到处都是一片祥和；”以及“您像阿吞一样圣明，人们只要遵照您的教导，就会过上幸福的生活。”
他沉迷于这些颂词之中不能自拔。但是那些仇恨埃赫那吞改革的阿蒙神庙的僧侣们，却在一直在俟机刺杀埃赫那吞。
一日，埃赫那吞和老皇后同坐一车去阿吞庙祭神。他情绪高涨，一路对母亲介绍街边的景物。突然马车停了下来，埃赫那吞朝前看去，原来是一个人拦住了车队。卫士长上前询问得知此人有冤状上告。埃赫那吞让那青年到自己车边来，由书吏长麻伊代他接收。这个人跪行到国王所坐的马车轮下。麻伊则从马上俯身刚要去接状纸，就在这一瞬间，这一青年一跃而起，从纸卷中抽出一把锋利的青铜短刀，猛刺入法老胸部。埃赫那吞本能地惊叫一声，又向后闪去，老太后吓得当时就昏过去。就在这千钧一发之际，车右侧的卫士横转过青铜矛，狠劲捅向刺客的后背。矛头破腔而入，刺客尚未刺到法老便沉重地倒了下去，恰好压在法老的身上，刀尖几乎碰到法老的鼻子。
国王遇刺的消息很快传开，阿蒙神庙的僧侣们借机散布言论：“这是阿蒙神对法老的一次警告，假如他还要倒行逆施，就要受到更严厉的惩罚。”一时间，埃及全国上下人心惶惶。王后涅菲尔提忧心忡忡劝埃赫那吞改变自己的做法。不料，埃赫那吞大发雷霆，将王后斥责了一通。王后极度伤痛，便带着孩子回到底比斯，直到死后，夫妻二人也没有再见一面。
公元前1326年，埃赫那吞在众叛亲离中去世。王后涅菲尔提没有原谅他，没有出席他的葬礼。刚刚9岁的吐坦哈吞即位。
以麻伊为首的大臣们上表一致要求将首都迁回底比斯。不久，新国王颁布命令，将迁都底比斯，为阿蒙神庙僧侣彻底平反，归还庙宇财产，由国库对一些被处死的僧侣的家属和致残的僧侣进行赔偿。在僧侣的压力下，吐坦哈吞（意即阿吞的鲜活形象）的名字也改为吐坦卡蒙（阿蒙的鲜活形象）。
吐坦卡蒙18岁就突然死了，出人意料的是昔日的臣子麻伊却成了法老。
不久后赫伦希布又依仗军队夺取了王位。埃赫塔吞城被宣布为“邪恶的地方，渐渐变成了一片废墟。