按我国宪法规定，公民有信仰宗教的自由。在法律的保障下，教徒的正当宗教活动、宗教节日受到尊重，各地的寺庙建筑、宗教文物均受到保护。
新疆不仅是个多民族的地区，而且是个多种宗教并存的地区。有伊斯兰教、喇嘛教（藏传佛教）、佛教、基督教、天主教、东正教、道教、萨满教等多种宗教。
伊斯兰教
伊斯兰教在旧中国称“回教”、“回回教”、“清真教”、“天方教”等，这是7世纪初阿拉伯人穆罕默德创立的一种宗教，与佛教、基督教并列为世界三大宗教。“伊斯兰”一词是阿拉伯语“顺从”的意思，即信仰真主为唯一的神，穆罕默德是真主的使者；所信奉的《古兰经》是真主“启示”的经典；相信世间一切事物都是真主的“前定”。伊斯兰教徒要遵守五项功课，即念（相信真主、念经祈祷）、礼（面向麦加，一天作五次礼拜，每礼拜五到清真寺参加聚礼）、斋（封斋，每年伊斯兰教历九月，教徒每天从黎明到日落要戒除饮食和房事）、课（缴纳宗教税）、朝（有条件的，一生要到圣地麦加朝觐一次）。
公元10世纪中叶伊斯兰教传入新疆。伊斯兰教传入前，新疆各少数民族曾信仰过萨满教、摩尼教、袄教、景教、佛教等。公元10世纪中叶，随着阿拉伯帝国势力的东进，伊斯兰教开始向新疆传入，喀拉汗王朝的著名可汗苏里唐·布格拉首先皈依伊斯兰教，喀什成了伊斯兰教的传播中心。后来伴随萨曼尼王朝向外r不断扩张，伊斯兰教势力不断扩张，于田成了伊斯兰教的又一个基地。到13世纪，伊斯兰教传到了阿克苏、库车、焉耆、伊犁等地区。15世纪初伊斯兰教在吐鲁番盆地占据优势，15世纪末哈密地区的居民也开始信奉伊斯兰教。
现在新疆信仰伊斯兰教的有10个少数民族，即维吾尔族、哈萨克族、回族、柯尔克孜族、塔塔尔族、乌孜别克族、塔吉克族、东乡族、撒拉族、保安族。其中前7个民族是新疆的世居民族，后3个是解放后从内地陆续迁来的，人口合计760多万，占新疆人口的58%左右。伊斯兰教有各种教派，传到新疆的主要是逊尼派中的大伊玛目哈乃斐派和什叶派中的伊斯玛伊勒派，以及苏非派（衣禅派）。新疆的维吾尔、哈萨克、回、乌孜别克、塔塔尔等民族的大多数人信仰逊尼派；维吾尔、乌孜别克等民族中也有相当一部分人信仰苏非派；塔吉克、柯尔克孜等民族基本上都信仰什叶派中的伊斯玛伊勒派。新疆是中国伊斯兰教寺院最多的地区，各地均有分布，比较著名的有喀什的艾提尕（ɡǎ）尔清真寺、库车大寺、莎车的加玛清真寺和阿孜那清真寺、乌鲁木齐的陕西大寺和南门寺、伊犁的拜士拉寺、和田的居曼寺等。
佛教
佛教在新疆流传最久，长达2000多年，至今仍为新疆蒙古族、藏族所信奉。蒙古族人信奉的佛教叫喇嘛教，又叫藏传佛教，是中国佛教的一个支派。最早传入新疆的佛教是小乘佛教，大乘佛教接踵而来的3世纪后期，佛教盛行全疆各地，直到15～16世纪才告衰落。佛教给新疆留下了丰富的文化遗产，其中尤以千佛洞为著。现在新疆发现千佛洞有16处之多，较完整的洞窟有550多个。喇嘛教是崇拜偶像的宗教，因此特别重视修庙立塔、雕塑佛像。新疆的喇嘛庙早先是以蒙古包的形式出现的，现存的土石、土木结构的喇嘛庙大都是清光绪前后修的，如昭苏的圣佑庙、乌苏的普庆寺、巴音郭楞蒙古自治州和静县的巴仑台庙等。新疆蒙古族喇嘛教徒以去西藏熬茶、礼佛，去青海塔尔寺、山西五台山朝圣为荣。
基督教与天主教
在新疆，目前主要为少部分汉族人所信奉。新疆基督教的历史很长，可以追溯到公元六七世纪。基督教的一个很小派别——聂斯脱利派曾在公元7世纪到14世纪在新疆盛行，当时称为“景教”。元代以后由于伊斯兰教在新疆占了优势，景教势力开始衰退。新疆现在的基督教是19世纪以后随着帝国主义势力的入侵才再次发展起来的。
东正教
东正教是新疆俄罗斯族人信奉的宗教。东正教的传教士最初进入新疆的时间大约在19世纪末到20世纪初。
袄教与摩尼教
袄教又名拜火教，原名琐罗亚斯德教，约在公元3世纪后传人新疆。史籍记载，在魏、梁、唐、宋各代，疏勒、于阗、焉青、高昌等地都有袄教流行，直到明朝以后，袄教才销声匿迹。摩尼教在8世纪以前就传入新疆，到五代、宋朝时期，更加昌盛，但现在已经绝迹。
萨满教
萨满教是比较原始的一种宗教，在维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、蒙古、满、锡伯、达斡尔等民族的历史上，都曾经有过很深的影响。现在信奉萨满教的人已经很少了。