尹翁归治理东海郡尽职尽责，明察秋毫，爱民如子，深得民心。他先将东海郡中的大小官吏的详细情况了解清楚，哪个贤良，哪个恶劣，做到心中有数；而且对于刁民恶吏及奸猾之徒做了什么坏事，犯了什么罪过，按他们各自所属的县一一造册登记。然后他亲自处理各县作奸犯科的奸邪之事，严格执法，加强对下属的监督管理，取得了很好的效果。尹翁归下令收捕各县作奸犯科、违背律令的奸猾民众，依法追究他们的责任。尹翁归惩治罪犯有专门的时间，一般是集中在每年秋冬大会考察属下各级官吏一年功过的时候，此外就是到下属各县出巡监察的时候。他之所以选择在这些时候惩治罪犯，是考虑到这些时候处理影响面广，对民众能起到教育作用，对那些敢于以身试法的人也能起到杀一儆百的震慑作用。尹翁归的处置措施收到了良好的社会效果，东海郡的官吏百姓深受震动，那些行为不法的人也主动改过自新，弃恶向善。当时东海郡下属的郊县有个地方富豪叫许仲孙，势力很大，并且非常奸诈狡猾，经常扰乱吏治，为害乡里，老百姓深受其害。前几任太守几次想治他的罪，都被他凭借着势力关系狡猾地逃脱了，因此许仲孙越来越嚣张，恣意妄为，横行郡县。尹翁归到任后，查明许仲孙累累罪行的铁证后，不畏强势，依法将许仲孙论罪斩首。尹翁归除暴安良，为民除害，老百姓拍手称快，人们敬畏尹翁归的威名，佩服他秉公办事，不敢再违犯禁令，整个东海郡风气大为改观，秩序井然。尹翁归并不是爱杀人的酷吏，办案时绝不株连旁人。而且，采取“杀一儆百”的方法，只抓重犯主犯，给从犯们一个悔过自新、重新做人的机会，这让大多数官吏百姓心悦诚服。
汉宣帝选用良吏，入朝治事，看到尹翁归政绩卓著，便提拔他执掌右扶风，管辖京畿之地。这是个靠近京城的要地，豪强众多，很难治理，所以朝廷需要尹翁归这样的人才。上任后，尹翁归很注意提拔贤才做自己的属吏。他的提拔标准是“廉平疾奸”，就是既廉洁清白、又疾恶如仇的人，给他们高职，以礼相待，同甘共苦。但是，谁要是辜负了尹翁归的期望，惩罚也是很严厉的。就这样，他在右扶风培养起了一支严明的执法队伍。他治政的方法，仍然沿用东海郡的招数，先做调查，建立档案，对各地歹徒的犯罪情况，也都有专门的簿册加以登记。案件发生后，就从档案里寻找线索，顺藤摸瓜。尹翁归把自己的办案经验传授给属吏，遇到复杂案件，他还会直接指点。属吏们在他的指导下，办案效率很高，几乎没有逃脱的罪犯，都得到了应有的惩罚。尹翁归审判罪犯，对于弱小则从宽，所谓“缓于小弱，急于豪强”，对于豪强则从严，他同情宽容平民百姓，治理的重点是豪强大户，手段非常严厉。豪强大户一经定罪，就把他们送交掌畜牧的官吏，罚他们去劳动，切草服刑，责令他们按时完成定额，不允许家人奴仆代替劳动，也不允许迟到早退、消极怠工，谁要是不服从，就鞭笞伺候。有的富豪犯人不能忍受这些惩罚，只好用切草的铡刀自杀了事。京师一带的豪强，震慑于尹翁归的威严，不敢再胡作非为，结果右扶风得到大治。朝廷考核官吏，尹翁归常常在京城三辅中获“第一贤能”荣誉，特别是在肃清盗贼这一项的考核中，更是无人可比。
尹翁归既是一位法家人物，还是一位廉洁自守的清官。他一生办了许多案子，惩处了许多豪强，杀了许多人，但并没有到处树敌，遭人诽谤，反而获得了朝野上下的尊敬。尹翁归之所以敢于严厉打击豪强和不法官吏，一个重要的原因，是他为朝廷做事二十多年，一直为官清明自守，严格执法，语不及私，不贪财受贿；在日常与同级或上级官员相互交往中，他又是一位谦谦君子，从不矜功自伐，温良谦退，善于听取别人的意见，所以在朝中受到广泛赞誉，声望很高，深得人心。无私方能无畏，在尹翁归身上得到充分的体现。他死后，家里毫无积蓄，一贫如洗。汉宣帝对他的政绩和人品倍加赞许，他诏示御史大夫说：“我起早睡晚，日夜思虑的，就是重在求贤。用人不论亲疏近远，但务必要能安抚百姓的才行。右扶风尹翁归廉洁清正，治政理事成绩卓著，不幸早逝，没能完成他的功业，我感到非常惋惜。”汉宣帝特准予赏给他的儿子一笔钱财，以便让尹翁归的后代供奉、祭祀他。尹翁归的三个儿子继承父德，为官也都非常清廉。