治平四年（公元1067年），宋神宗即位，年仅20岁。年轻的皇帝眼看国家财政空虚，官僚政治暮气沉沉，军事力量又不堪一击，很想振作一番，以巩固自己的皇位。于是破格提拔了王安石，支持王安石变法。
王安石当政后，实行了一系列新法令。其中的保甲法，是为加强地主武装服务的，规定每户人家只要两个人以上的，就以一人为保丁，以十家为一保，五十家为一大保，进行步射和骑射等军事训练。因为天天要操练，有的农户地里的活儿忙不过来，庄稼就歉收。王拱辰认为此法不妥，于是上疏宋神宗谏道：“这样做不仅是误了农民的农时，使庄稼歉收。更重要的是他们在打不出粮食之后就可能离家外出去做盗贼。这就简直是等于用法令把他们赶到犯罪的道路上去。现在就有许多农民成了小偷小摸，甚至四处流窜作案。这种情况，各地郡县官都不敢往上呈报，这样下去怎么得了！”朝中有些人趁机指控王拱辰败坏法令，王拱辰愤然地说：“这正是老臣所以报效国家的地方！”接下来他仍不停地上章禀奏。王安石对此大为愤恨，视王拱辰为异己，千方百计地利用手中职权打击他。
公元1085年，宋神宗病逝，其子赵煦即位，年仅10岁，尊皇太后高氏为太皇太后，垂帘听政。被后代史家称为“女中尧舜”的高太后执政后，召回被宋神宗贬谪的名臣司马光、王拱辰等主持朝政，王拱辰被拜为安徽北院使。一上任，王拱辰就上疏太皇太后，请求停止王安石新法。太皇太后准奏，并下旨停止修城，解散民工回家务农。王拱辰还上疏弹劾了当朝权贵御史中丞蔡确，指责他内外勾结、卖官求利、公开霸占田地。太皇太后令人查明王拱辰所奏属实后，遂下旨严惩蔡确，受到了百姓欢迎。
公元1085年，还想为朝廷继续出力的王拱辰不幸染上重病，不久病逝。宋哲宗追赠他为开府仪同三司，谥号懿恰。王拱辰的女婿李格非是宋代著名学者，外孙女即是在中国文坛上享有盛誉的一代词人李清照。王拱辰是历史上有名的诚信状元。他在朝中做官五十五年，以自己诚信正直的品格和惊人的才华，得到百姓和官员们的尊敬。