不久，太史慈抵达平原，便向刘备游说：“我是东莱人氏，与孔融无骨肉之亲，也不是同乡同党，只是因为慕其戡乱平暴的志向，还有分灾共患的情义。今天管亥暴乱，孔融被围，孤立无援，危在旦夕。久闻使君向有仁义之名，更能救人危难，因此孔融正盼您去援助他，便派我冒刀刃之险，突出重围，从万死之中前来求援，唯望使君能伸出援手。”刘备感慨地说：“原来孔北海也知道世间有我刘备这个人啊！他既来求我帮忙，我又岂有不救之理！”立即点精兵三千人随太史慈驰援都昌。黄巾军闻知援兵已至，便撤离而去。孔融之围既解，就更加重视太史慈，他握着太史慈的手，真诚地说：“你真是我的忘年交啊。”之后太史慈回家拜母，其母对太史慈说：“我很庆幸你报答了孔北海啊！”
扬州刺史刘繇与太史慈是同乡故交，自太史慈离开辽东回来后，未与之相见。公元195年，太史慈想渡江到曲阿去看望刘繇，但还未启程，孙策已攻至东阿。有人劝刘繇拜太史慈为大将，以拒孙策，刘繇却说：“我若用他，孙策将必会笑我不识用人。”所以只令太史慈侦察军情。太史慈和一骑兵去神亭侦察，与孙策遭遇。当时孙策共有十三骑，个个都是黄盖、韩当、宋谦那样的勇猛之士。狭路相逢勇者胜，太史慈毫不畏惧上前拼杀，双方杀得难解难分，真是棋逢对手，将遇相才，正与孙策交战中，孙策刺倒太史慈的坐骑，夺走了太史慈系在颈后的手戟，而太史慈亦抢得孙策的头盔。直至两家军队都赶到神亭，二人才鸣锣收兵。从此，孙策认为太史慈确实是一员猛将，做梦都想把他收在帐下，便令部下，此后交战，不许伤了太史慈。
不久，太史慈守护刘繇逃奔豫章，遁走芜湖，逃入山中，刘繇自称丹杨太守。同时，孙策已经占领了宣城以东一带，唯有泾县以西有六县还在刘繇手中。太史慈也随后进驻泾县，建立屯守军府，山越之人争相归附。后来，孙策亲自攻讨泾县，太史慈终因寡不敌众被孙策生擒。孙策看到太史慈，立即为他松绑，握着他的手说：“还记得神亭一战吗？如果你当时将我生擒，你会怎样处置我？”太史慈说：“不可预料。”孙策大笑，又向太史慈道：“闻知卿昔日为郡太守劫州章，赴助于孔文举（融），请援于刘玄德（备），件件都是闻名的义举啊，真是天下间的智士，可惜现在却为刘繇效力。今后之路，我当与卿共闯。”即拜太史慈为门下督，回到东吴后授以兵权，任命他为折冲中郎将。
后来，刘繇在豫章去世，其部下士众万余人无所归附，太史慈向孙策请命道：“扬州军近日新破，士卒皆离心分散，难复再合聚；慈愿出去宣示恩惠，以安其心并集其众，但只怕不合尊意而已。”孙策竟跪地答道：“这实在是我本心所望。明日午时，希望君能及时归还。”众将都十分怀疑太史慈的行为，唯独孙策坚定地说：“太史子义是青州名士，向以信义为先，他终不会欺骗我。”第二天，孙策大请众将，大摆宴席，将一根竹竿矗立在营中观察日影。至日中，太史慈果然依约而回，孙策大喜，从此更加信任和重用太史慈。