此时，病痛已在叩门，一旦走进他的身体内就再也不曾离开。一七九六年至一八〇〇年间，耳聋开始侵蚀着他（在1802年的遗嘱内，贝多芬提到他的耳聋已开始了六年，也就是说是从1796年开始的。同时我们可注意他的作品目录，惟有包括三支三重奏的作品第一号，是1796年前制作的。第二号作品包括三支最初的奏鸣曲的作品，是1796年3月出版发行的。因此可以说贝多芬全部的作品都是耳聋后写的。关于他的耳聋，可以参见1905年5月15日德国医学丛报上克洛兹·弗雷斯托医生的文章。他认为这病是受一般遗传的影响，也许与他母亲的肺病也有关系。他分析贝多芬1796年所患的耳咽管炎，到1799年变成严重的中耳炎，因为治疗不善而发展为慢性的中耳炎，随后耳聋的程度逐渐增加，但没有完全聋。贝多芬对于低沉的声音比高音更为敏感。在他晚年，据说他用一支小木杆，一端插在钢琴箱内，一端咬在牙齿中间，用以在作曲时听音。（这个问题还可以参见柏林·莫皮特市立医院主任医师雅各布松在1901年发表的一篇文章）1810年左右，机械家曼扎尔为贝多芬特制了听音器，这个器械至今尚保存于波恩城内贝多芬博物院。），耳朵日夜嗡嗡的鸣响，内脏也遭受疼痛的折磨而不得安宁，听力也越来越差，对声音的敏锐已是大不如前。这些事情他不仅瞒着自己的家人，连亲密的朋友他也讳莫如深。他躲避人群，避免和他人交往，以免别人发现他的残疾，他一个人孤独地守候着这个残忍的秘密。但是到了一八〇一年，他不能再缄默了，他在绝望之中告诉了他的两个朋友——韦格勒医生和阿曼达牧师：“我亲爱的、善良的、诚挚的阿曼达，……我多希望你能时常在我身旁啊！你的贝多芬真是可怜至极，要知道，我身体最高贵的一部分，我的听觉，已经严重地衰退了。当我们同在一起时，我已觉察到许多迹象，我瞒着你，从此每况愈下……它还会痊愈吗？我当然如此希冀着，可是希望非常渺茫，这种病是无药可治的。我过着凄惨的生活，躲开我热爱和珍惜的一切，在这个如此可怜、如此自私的世界上，而这些又是如此的可贵！我只能在悲愤中隐居遁世，听天由命。当然，我决心摆脱这样痛苦的命运，可是，这有可能吗？”（据《贝多芬书信集》第13页。）
在给韦格勒医生的信中，他这样写道：“我过着一种悲凉的生活。这两年来我一直逃避和别人的一切交流，因为我不能和别人说话，我现在成了一个聋子。如果是其他的行业，我尚且可以从容应对。但对目前所从事的特殊职业来说，这无异于晴天霹雳。我树敌过多，他们将如何对外诋毁我呢？在剧院里面，我不得不坐得离乐队很近才可以听得见演员们所说的话，一旦离得稍远点，就听不到音乐的演奏和演员们高昂的声音……如果别人轻慢点，还能勉强听清，可如果别人大声嚷嚷，我真是难以忍受……我常常诅咒自己为什么命运如此悲惨……普鲁达克（普鲁达克：公元一世纪希腊著名的史学家和伦理学家，著有《希腊和罗马名人传》和《道德篇》。）教我忍受这一切。但如果可以的话，我宁愿直立起来反抗这命运。然而，在某些时刻，我觉得我是上帝最可怜、最悲剧的造化物……我不得不忍受命运的安排。是多么悲惨的避难所呀！但我却别无选择！（据《贝多芬书信集》第14页。）
这种悲剧式的心绪渗透在他部分作品中，在当时一部分的作品里也有所表现，例如十三号作品《悲怆奏鸣曲》（一七九九年），尤其是第一号作品之三的奏鸣曲中的广板（一七九九年）。但奇怪的是并非所有的作品都带有如此忧郁沉重的情绪，还有许多乐曲，比如欢快喜悦的《七重奏》（一八〇〇年）、清明透彻的《第一交响曲》（一八〇〇年），都反映了一种青年人无忧无虑的天真情怀。毫无疑问的，让心灵适应疼痛也需要一些时光，但是它是那样的需要欢乐，所以实际上没有欢乐时就只有靠自己来创造。当“现在”太过于残酷时，灵魂就沉浸在“过去”中生活。往昔的美妙岁月不会转瞬即逝，即使当它们不复存在了，其光芒依然会悠远地照耀现在和未来。当贝多芬孤独一人在维也纳受难时，对抗这种苦难的正是他对遥远故乡的美好回忆。那时他的思想都印刻着这样的痕迹。《七重奏》中以变奏曲形式出现的行板的主题便是一支赞颂莱茵河的曲子。《第一交响曲》（C大调）也是和莱茵有关的作品，是青年人怀揣梦想微笑的诗歌。它是那么的欢快愉悦，给人以闲适的享受，可以从中体会到它渴望取悦人们心灵的愿望。但是在某些段落和引子里面，在低音乐器的明暗对比中，在神秘的谐谑曲中，我们可以多么激动地在那张青春的脸上看到未来天才的目光。那是波提切利所画的《圣家庭》中幼婴的眼睛，其中可以窥见他未来的悲剧（波提切利是文艺复兴前期意大利著名的画家，他在《圣家庭》中所画的幼婴即为耶稣，隐喻未来的悲剧。）。