尼尔斯因为太调皮，欺负了会魔法的小狐仙，被小狐仙施了魔法，变成了一个很小很小的小人儿。之前遭到他欺负的动物们看见了他这幅样子，纷纷嘲弄、欺负他。机缘巧合之下，他无意骑上了大白鹅莫顿的背上，跟它和燕群们进行了环游旅行。
大雁们一开始对他们一人一鹅毫不在乎，甚至到了经常嘲讽的程度。但是，这也是会改变的。一天深夜，狡猾的狐狸斯密尔，悄悄袭击了燕群中的一只雌灰鹅。而尼尔斯清楚地看见了，因为，变成小狐仙的他，有着小狐仙部分的能力，在黑夜中，他能看得很清楚。阿卡他便同意带莫顿和尼尔斯去拉普兰。
燕群们来到了格里敏大楼，听白鹳说了灰老鼠与黑老鼠的斗争，决心帮助黑老鼠，便叫尼尔斯来帮自己的忙。尼尔斯吹起了小口哨，将灰老鼠赶得越来越远。
在一次沙滩旅行，尼尔斯来到了100年才会出现一次的海底城市“威尼塔”，存在时间只有1小时。这所城市只要没有什么商人能把随便什么东西卖给一个活生生的人的话，这座城市就会再次沉入海底。只要有一枚很小很小的铜币付给商人，威尼塔就能在这里的海岛一直保留下去，里面的人就能有生又死了。尼尔斯十分后悔，但后来又原谅了自己。
皮灰子与卡尔之间有着很深厚的友谊，皮灰子死了，阿尔知道了真相，也可以死的瞑目了。
有次阿卡将小灰燕邓芬按邓芬的意愿把邓芬送回到了她父母身边，渔夫却无意将邓芬的姐姐文珍妮认成了坏蛋，打死了。
曾经高果尔被阿卡捡到，养了起来，但现在却被人捕捉了。尼尔斯将笼子弄坏，帮助高果尔逃了出去。
有天，男孩为了莫顿，说自己不想回家了，但莫顿知道他的心思。大雁们给了男孩海底的宝藏。
大雁将尼尔斯和莫顿送回了家，尼尔斯见了当时欺负自己的动物们，大家都跟尼尔斯十分的亲近了。
尼尔斯最后告别了燕群。
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