这个成语出自《史记·孙子吴起列传》。
孙武是春秋末期齐国人，著有《孙子兵法》。吴国国王看了孙武写的兵法书，十分欣赏他的军事才能，就派人将孙武请进宫来。
吴王想亲自考验一下孙武的兵法。他问孙武：“你能用兵法操练宫中女子吗？”孙武回答说可以。于是，吴王下令从宫里选出一百八十名女子，交给孙武指挥。
孙武将宫中女子分成两队，让吴王两个心爱的妃子当队长。孙武在正式操练前，将队列训练要求和纪律作了详细交待。孙武说：“我叫前，你们就看前面；叫左就看左手；叫右就看右手；叫后就看背后。”那些宫女从来没有经历这种新鲜的事情，命令传下去后，她们都哈哈大笑起来，根本没把号令当一回事。
孙武说：“你们对规定和军令不够清楚，是我的过错，现在我再讲一遍。”于是他又重新讲解了一遍。孙武第二次击鼓传令。宫女们还是觉得好玩，仍旧嘻嘻哈哈不以为意。孙武说：“号令不明是将帅的责任，号令已明而不服从，则是队长的过错。依照军令队长当斩。”于是派人搬来早已放置在一旁的铡刀，下令将两个队长处死。
吴王见孙武真的要杀自己两个心爱的妃子，慌忙叫人前去阻拦。吴王说：“我已知道您善于用兵打仗了，请不要杀她们吧！”孙武坚决不答应。他说：“我既然是将帅，就有权杀掉不听命令的士兵。”说完，下令将两个妃子杀了，另外找了两名宫女当队长。
孙武重新发号施令。这次宫女都老老实实地按照规定操练，队列非常整齐。吴王非常佩服孙武，任命他为吴国大将。孙武日后为吴国成为春秋时的强国训练了一支强有力的军队。
“三令五申”意思是再三告诫，反复下达命令或讲明规定。后来人们经常用它来表示反复强调一件事情以引起重视。