奥巴马当天在白宫签署上述命令的仪式上说，他决心赢得反恐战争，但要改变过去一些做法。他说，反恐和美国价值观并不矛盾，两者之间不应存在取舍问题。他签署上述命令，不仅是要履行竞选承诺，更是要重申美国缔造者们立下的有关准则。
根据这些命令，除一年内关闭关塔那摩监狱外，奥巴马还将委派一个政策小组研究在30天内就未来如何处置目前该监狱关押的囚犯提出建议。他还要求所有美国政府人员在审讯恐怖犯罪嫌疑人时严格遵守陆军作战手册中的审讯条例，禁止酷刑；奥巴马还命令司法部研究被关押在美国本土的一名加拿大籍恐怖犯罪嫌疑人是否有权就他被拘押一事起诉美国政府。
舆论认为，奥巴马上述举动意味着包括关塔那摩基地监狱和特别军事法庭在内的美国羁押和审判恐怖犯罪嫌疑人的现行体系将被废止。
美国2002年1月在关塔那摩设立监狱，主要关押“9·11”事件后在阿富汗战争中俘获的“基地”组织和塔利班疑嫌犯，还按照二战后审判战犯的模式设立特别军事法庭，专门审判这座监狱里的囚犯。由于关塔那摩监狱和特别军事法庭剥夺了囚犯的许多合法权力并违反有关国际公约，因此严重影响美国形象，美国国内外要求关闭这一监狱和停止特别军事法庭运作的呼声不断高涨。奥巴马在竞选总统时曾承诺上任后将关闭这一监狱，并于20日宣誓就任后立即要求关塔那摩特别军事法庭暂停审判犯人。