生物技术可以制造新的疫苗、药物和新的医疗方法。如利用生物技术生产血液代用品，已受到世界各国的重视，人造血液可望缓解战场上血浆的供需矛盾。利用生物技术生产的高效伤口愈合材料，有望进行大规模生产。科学家正研究用重组工程菌进一步提高壳多糖（有促进伤口愈合功能）的产量。美国一些公司与陆军医疗中心正在从事用生物技术合成“人造皮肤”的研制工作。
此外，生物加工处理技术在军事领域也有广泛的应用。目前正在研究的课题有：生化战剂的洗消、危险废物的生物降解、生物除雷、生物防核污染等。已经初步研制出了无腐蚀、低成本、高速度、便于携带的清洗生化战剂的生物酶，清除残余地雷、水雷，降解TNT炸药的生物体和能除去铀、镭、砷等有毒有害元素的微生物。