贝加尔湖已存在了2.5万年，在两万多年前中西伯利亚高原南部，由于剧烈的地壳断裂运动，形成了一条狭长而深陷的变形盆地，两侧陡峭的断崖岩高达1000～2000米，盆地积水形成了湖泊，贝加尔湖就这样诞生了。这个神奇无比的蓝色深湖，深藏着变幻莫测、令人费解的无尽的奇异谜团。
贝加尔湖面积为3.15万平方千米，最深处达1830米，淡水储量占世界淡水总量的五分之一。世界上的一些著名湖泊，水量几乎都是逐年减少，可它却有增无减。整个湖泊以及附近一带寄栖着200多种动物，生长着600多种植物，其中三分之二的生物是地球上其他地方几乎没有的，有些生物只有在几万年甚至几亿年前的古老的地层下才能找到与之类似的似石的化石。此外，还有不少生物，要到距离遥远的热带或亚热带的一些地方，才能发现它们的同种或近亲。例如，有种藓虫类动物，它的近亲生活在印度的湖泊里；有种水螅，只有在中国南方的湖泊里才能看到；有种长臂虾，它的同种只有在北美洲的湖泊里才能找到。然而，最令科学家们感兴趣但又费解的是：贝加尔湖中有许多地地道道的海洋生物，如海豹、鲨鱼、海螺、奥木尔鱼等。世界上只有贝加尔湖湖底长着茂密的丛林——海绵，海绵中还生长着外形怪异的龙虾。一般湖泊二三百米以下便很少有生物，但贝加尔湖却是例外，它深处富含氧气，生物种类繁多，甚至在1600米的湖底仍能看到大量生物群。这可能是因为湖面遭受强风吹袭，再加上每年大量沉入湖底的碎冰带来足够的溶氧，才使湖底充满生机。贝加尔湖内特有的生物含量之丰富令人惊叹。欧洲湖泊像虾状的扁形虫总共只有11种，而贝加尔湖竟高达335种之多，其中有一种扁形虫长达40厘米，是目前世界上最大的一种，它竟有能力猎食小鱼。贝加尔湖被称为“珍奇的海洋博物馆”。
贝加尔湖所处的中西利亚高原，5亿多年内从未被海水淹没过。经分析，贝加尔湖属于淡水，美国科学家马克·彻林顿归纳了学者们的各种见解，提出了“外来”说，即贝加尔湖的海洋动物是从海而入，并称贝加尔湖为“西伯利亚的神海”。生物学家们推测，贝加尔湖海豹的祖先可能来自相隔甚远的北冰洋，当它们进入叶尼塞河，逆流游泳2400千米，学会了吃完全不同的食物，在一个异常的环境里生存了下来。从目前地理学角度上来看，只有这一出口能到达海洋。