胡司冤死后，捷克人多次在布拉格举行集会，对教皇的暴行和皇帝的失信表示抗议。甚至捷克的贵族会议也向康斯坦茨宗教大会提出了抗议。人们自发地举行了反抗教会的斗争，拒绝交纳什一税，驱逐德国的教士。导致在1419年7月爆发大规模的起义。起义将矛头指向德国人控制的教会，所以具有争取民族解放和反对外来压迫的性质。起义发生在两个不同的地区，形成了两个不同的派别。其中以南方的塔波尔城为中心的一派被称为塔波尔派，他们更为激进，参加者和领导者是下层劳动者。这支起义军成为胡司战争的主力。1419年7月22日，大约有4万多捷克各地的农民汇聚塔波尔城，他们把带来的多余财物放在街道上的大木桶中，大家可以随意取用。但是塔波尔派起义者缺乏明确的统一纲领。他们只是反对一切不合理的事物，要求废除等级制度，黜除国王，取消繁重的封建义务。他们要求没收土地分给农民，建立一个美好的共和国。
起义军内部，分为两个公社，一个是内部生产公社，负责战时的生产供应，另一个是作战公社，负责保卫他们建立的社会。塔波尔派的主要首领是瓦茨拉夫·科兰达。另一个派别是以布拉格为中心的圣杯派，他们是胡司起义的温和派，成员大部分是中产阶级和中小贵族。这一派在教士约翰·哲里夫的带领下，于1419年7月30日在布拉格市发动起义，夺得城市管理权。他们有具体的管理纲领，并于1420年拟定了布拉格四条款。他们要求没收教会财产，捷克宗教独立，禁止外国人担任捷克官吏。他们在宗教问题上要求每个人都可以用圣杯领取圣餐，所以被称为圣杯派。他们还要求传教自由，可以用任何语言传教，废除僧侣对世俗财富的占有，僧侣犯罪也应像平民一样论处等。
胡司起义爆发以后，捷克国王受惊至死。德国皇帝西吉斯孟德任捷克国王。由德国皇帝兼任捷克国王遭到人们更强烈地反对。西吉斯孟德从1420年4月到1431年8月共组织了5次十字军来镇压起义。两派起义军积极拥护杰出的指挥官约翰·杰式卡（1378～1424年），英勇抗战，其中主要的抵抗力量是塔波尔起义军。
杰式卡出生于一个贫穷落迫的骑士家庭，曾在军队中服役，有相当丰富的作战经验，起义爆发后他立即加入，并被推举为起义军的首领。杰式卡采用“战车堡垒”战术。他把战车用铁链子联结起来，围在步兵的外面，抵御敌人骑兵的进攻。同时躲在里面的步兵可以通过空隙用挠钩把敌人拉下马来。这种方法在战斗中有重要作用，多次打退敌人的进攻。致使敌人一听到塔波尔的战车声和塔波尔战士的军歌声就胆战心惊，闻声而逃。1421年7月，杰式卡在一次战斗中负了重伤，仅有的一只好眼睛被箭射中，从此双目失明。但他仍然继续指挥战斗。1424年10月11日因病去世。
他死后，起义军在大普罗可比和小普罗可比的指挥下继续作战。起义军在得到初步胜利之后，曾进行反击，一直打到德国境内。但是在胜利的形势下，起义军内部产生了分裂。因为圣杯派已经达到了他们的目的，他们中的富有者已获得了一些城市的管理权，取代了德国贵族在捷克的地位，他们不希望起义军继续发展壮大，希望结束战争。1433年，德国封建主和圣杯派在布拉格签署协定，内容规定，宗教会议承认一般教徒可以用圣杯领取圣餐，同时圣杯派已经得到的财产不必归还。
就这样圣杯派背叛了起义，和德国人勾结起来共同镇压塔波尔派军队。1434年5月30日，塔波尔派军队和圣杯派军队发生激战，塔波尔派中被对方收买的一些人在战斗中突然叛变，投向圣杯派，塔波尔派惨败，大普罗可比阵亡，1万多名塔波尔派战俘被杀害，许多家属也在战后被杀。但塔波尔派剩余力量一直坚持到1452年。胡司战争作为一场农民反抗封建主的斗争虽然失败了，但作为一次民族独立运动还是取得了很大成功，对捷克的历史发展起了重大作用。