正如解剖“那位老人”和“孩子”的尸体一样，有些解剖显然是在新圣母玛利亚医院进行的。列奥纳多很熟悉这个地方，那是他的储藏室，偶尔也用作仓库。列奥纳多这么做肯定得到了某种官方的许可——1506年，即使佛罗伦萨画室中的“医生和学者”在圣克罗切进行公共解剖之前，也必须得到官员允许——但看来好像列奥纳多完成的这些解剖并非都是在那里进行的。列奥纳多充满感情地谈到了“午夜时候的恐惧，因为身边都是一些经过肢解和剥皮的死人，看了不禁令人毛骨悚然”。列奥纳多或许对尸体解剖进行了夸大，但其中的弦外之音在于他是在自己的寓所或画室内进行解剖的，因此才产生了他在尸体陪伴于身边时度过黑夜的那种恐惧。要是他在新圣母玛利亚医院解剖尸体，就不会感到恐惧了。
尸体解剖当时仍然存在争议。得到特许去进行解剖是可以的，但解剖仍然是项可疑的活动，其周围聚集着大量的谣言和迷信——这就暗示了它是一种“妖术”，迷信以及中世纪魔法的混合物。经常使用绞刑架下的尸体更加让人不寒而栗。列奥纳多急于使自己摆脱这些东西，这就是为什么他在描述尸体解剖的文章中也英勇地攻击了那些招摇撞骗的术士：
自然会替自身向那些希望实现奇迹的人们报仇……因为他们总是生活在最可怕的贫穷之中。对于那些力图制造金子和银子的炼金术士，那些希望从死水中创造出永不停歇的能量的工程师们，那些在所有人中最为愚蠢的巫师和魔术师来说，情况现在如此，将来也永远都是如此。
列奥纳多后来在罗马时，从事的研究使他与教会产生了冲突。一个幸灾乐祸的人把列奥纳多的活动向教皇作了汇报，结果列奥纳多被“禁止进行尸体解剖”。随着反宗教改革的进行，这样的态度强硬起来。半个世纪之后，比利时伟大的解剖学家，也就是《解剖学》的作者安德烈亚斯·维萨里因为“掘墓盗尸”和进行解剖被宗教裁判所判为死刑。判决后来改为让维萨里到耶路撒冷朝圣，但他在回来的途中就过世了，享年五十岁。
当列奥纳多谈到他在几具尸体的包围下度过夜晚时，我们得到一点暗示，他在紧闭的门后偷偷进行尸体解剖，这带有一点离经叛道的色彩。对列奥纳多来说，调查的需要总比个人舒适和教义安全的需要来得强烈。