“共通感”因此就成为理智、幻想、智力，甚至是灵魂的来源。列奥纳多继续说道：
似乎灵魂就寄居在这个器官之内……名叫“共通感”。“共通感”并不是像许多人想的那样遍布身体各处，而是应该集中在一个地方，因为如果灵魂到处都是的话，感官器官就用不着汇聚到一起……因此“共通感”就是灵魂之所在。
如果按照字面意思理解，我们会冒出这样一个不同寻常的念头：如上图所示，在温莎这幅成比例的头骨习作中，列奥纳多用坐标方格找出了人类灵魂的实际位置。得出这样的结论似乎太过简单了。列奥纳多其实是在提出问题，而不是得到结论。他指出这个理论是“古代的思想家们”提出来的，主要是亚里士多德，他还暗示其他一些古代思想家认为灵魂在身体里无处不在，比如柏拉图和赫耳墨斯。不管怎样，这是典型的列奥纳多式的飞跃，提出了一个令人激动的发现的可能性。通过这些素描所体现的这种清晰而客观的研究，当然有可能找到人脑中内部的各种秘密。如果真有“共通感”存在的话，我们肯定能将它找到；如果真有灵魂存在的话，灵魂肯定就在那里。读过这些笔记我们似乎能感到他既像是个魔术师，又像是个怀疑主义者。他小心翼翼地向头骨的各个腔室和隐蔽处窥探，心中充满好奇心，却又不敢确定，脑子里交织着“恐惧和期望，既对森然可怖的黑洞感到恐惧，同时又渴望知道洞里是否藏有奇妙之物”。
在一张头骨习作的背面他留下了日期：1489年4月2日，并记着还要研究的项目的列表。列表先是有关人的头部和脸部，然后转到头骨部分：
是哪一根肌腱导致眼睛的运动，以至于一个眼睛的运动又带动另一个眼睛的运动？
又是那些肌腱导致
皱眉。
扬起和低垂眉毛。
眼睛的眨动。
鼻孔的外张。
开启嘴唇，而牙齿闭紧。
撅起嘴唇。
大笑。
惊讶……
他的问题的范围突然变得宽泛起来，从大笑和惊讶表情的肌肉运动，突然转向：
描述人类的起源，人是怎么会在子宫里的，为什么八个月大的婴儿不能在体外存活。
人为什么打喷嚏。
人为什么打呵欠。
癫痫
痉挛
瘫痪
冻得打哆嗦
流汗
饥饿
睡觉
口渴
性欲
他接着转向人体的肌腱和肌肉体系——“使肩膀到肘部运动的肌腱”，“使大腿运动的肌腱”等等。这个主题可以与另一份早期的习作联系起来，那幅习作画的是胳膊和腿的肌腱。该习作画得不够细致，表明它是列奥纳多在解剖时作的，因此才会较为粗糙和仓促。
从这些解剖习作，我们能感到列奥纳多那种趋向“全能”的冲动，这也成为他科学研究一个拖累：他必须要对万事万物重新进行解释，每一个研究主题都揭示了许多其他需要研究的主题。
伴随《论人体的形态》的研究还出现了一系列素描，这些素描用平面展现了人体比例，展示了人体各器官之间的数学比率。列奥纳多这里又一次受到维特鲁威的影响。维特鲁威是罗马公元一世纪伟大的建筑家和军事工程师，惟有他的著作提出了关于人体和谐比例的理论和实践。温莎皇家图书馆藏有一些列奥纳多这方面的素描，它们大约作于1490年，其他一些素描已经失传，但《惠更斯抄本》里收录了一些摹本，这是一个16世纪下半叶汇编的一个手抄本，大概是米兰艺术家季罗拉莫·费奇诺编纂，他曾是列奥纳多早期助手弗朗切斯科·梅尔兹的弟子，因此有机会接触梅尔兹收集的大量列奥纳多的资料。
这些人体比例习作中最为著名的一幅，实际也是世界上最著名的素描之一，就是那幅人称《维特鲁威人》的素描，又称《神圣比例》，该图已成为列奥纳多和他的雄心壮志的一个标志。就像大多数负有盛名的作品一样，这幅作品常被单独放在名誉的聚光灯下探讨，而不是放在其诞生的背景里考虑。
《维特鲁威人》是一幅钢笔画素描，画在一张大纸上（13.5×9.5英寸），现藏于威尼斯的学院美术馆。之所以藏在威尼斯，大概是因为弗拉·乔康多于1511年在威尼斯印刷了维特鲁威作品的对开本，里面有一张依照这幅素描作的版画。素描的上面和下面都是手写的小字。图画上面的字是这样写的：
建筑家维特鲁威在他的建筑学著作中说，大自然把人体的比例安排如下：四指为一掌，四掌为一足，六掌为一腕尺（cubit）[指前臂的长度，该词来自“肘部”的拉丁文cubitus]，四肘尺合全身……
这些人体比例是从维特鲁威的《建筑十书》第三卷第一章中节选的，书的后面写得越来越详细：“肘部到手的中指尖的长度为身高的五分之一；肘部到腋窝的长度为身高八分之一……”素描下面是用手指和手掌为单位作的比例尺。
画中描绘了一男子，他摆出两个明显不同的姿势，这些姿势与画中两句话相互对应。双脚并拢、双臂水平伸出的姿势诠释了素描下面的一句话：“人伸开的手臂的宽度等于他的身高。”画中人因此被置于正方形中，每一条边等于96指长（或24掌长）。另一个人将双腿跨开，胳膊举高了一些，表达了更为专业的维特鲁威定律：