列奥纳多与德·普雷迪斯兄弟俩合作的结晶是一幅精美绝伦而又不乏神秘色彩的画作——《岩间圣母》。神秘的色彩部分是画作本身散发出来的：作品给人的感觉令人难以捉摸，色彩有些朦胧，画中人物处在与世隔绝的环境中。此外该画的神秘还是由于历史原因造成的。关于此画的文字记载不少，但这些记载却有些混乱，相互矛盾。《岩间圣母》具有两个不同的版本，虽有些相似，但并不完全一样，到底哪一幅是真作一直是众说纷纭。基本达成的共识是藏于卢浮宫的那一幅创作时间要早一些，应该是作于1483－1485年，基本上是列奥纳多独立完成的，而藏于伦敦国家美术馆那幅的时间则要晚一些，由列奥纳多与安布罗焦·德·普雷迪合作完成。关于两幅画之间到底相差多少时间，全在于你对那些史料的理解。
不管怎样，对此画开始之初的情况人们似乎并不存在疑问。此画的合同于1483年4月25日签订，由一个名叫安东尼奥·德·凯皮塔尼的公证人起草。这份合同是从一个世纪之前的历史文档中找到的，是最早能证明列奥纳多来到米兰的证据。合同一方是列奥纳多（上写“佛罗伦萨的列奥纳多·达·芬奇大师”）、伊万杰利斯塔和安布罗焦·德·普雷迪，另一方是一家名叫“无沾成胎协会”的宗教组织。列奥纳多的任务是为该协会在圣弗朗切斯科·格兰德教堂的小教堂绘制一幅祭坛装饰画（即上面呈弧形的祭坛画）。这是一份能光宗耀祖的合同。圣弗朗切斯科·格兰德教堂是维斯孔蒂家族于14世纪初期所建，是继大教堂之后米兰最大的教堂。（1576年该教堂被毁，如今那里驻扎了加里波第兵营。）尽管这个协会外面布满了各式宗教饰品，但它不过是由米兰豪门显贵组成的一个组织森严的俱乐部，其成员有：科廖家族、卡萨蒂家族、波佐博内利家族等。
三位艺术家要绘制三幅木版画，由一幅高6英尺、宽4英尺的中心画和两幅尺幅小一些、起衬托作用的边画组成。合同对画的尺寸有详细的规定，因为这三幅画是要放入一个已经制好的木制画框里，这个精心制作的画框出自雕刻师贾科莫·德尔·马诺之手，框上有用浅浮雕刻画的人像。除了绘画之外，三位画家还要负责给画框涂色和镀金，如有需要还要随时进行修补。我们大致能猜出工作的分工：擅长绘制微型画的伊万杰利斯塔、负责装饰画框；宫廷画家安东尼奥负责绘制两幅边画，而中心画则当仁不让地由那位佛罗伦萨大师负责。
合同最后期限是第二年的12月8日，即“无沾成胎节”那一天。签订合同那天离交货时间还不到8个月，时间非常紧张。委托方支付的酬金是800里拉，虽然数目还算可观，但酬金的支付方式却过于拖沓，给画家造成了极大的不便。三位画家在1483年5月1日先拿到100里拉的定金，然后从1483年7月开始每月收到40里拉。此画的交付时间是1483年12月，所以交付前有超过一半的酬金画家们无法拿到手。跟列奥纳多与圣多纳托教堂的修道士们为《博士来拜》签订的合同一样，这份合同也过于小气。这只是整个过程的开始，但从这清晰的一刻开始，事情又迅速转入我们更为熟悉的列奥纳多式的模糊不确定性。
《岩间圣母》无疑就是为这份订单而作的，但令人费解的是作品最后却偏离了客户的要求。按照合同的规定，中间那幅画上圣母子身边应该围着一圈天使和两个先知，每幅边画要出现四个天使，或唱歌或弹奏乐器。除了圣母子之外，《岩间圣母》没有符合合同中任何一项规定，天使只出现了一个，先知更是无影无踪，却凭空多出个小圣约翰。每幅边画上也只出现了一个天使。
有人解释说，列奥纳多签订合同之前就已经开始绘制此画，那时可能尚处于草图阶段。不管合同如何规定，他最终还是坚持完成了这幅作品。肯尼思·克拉克认为藏在卢浮宫的《岩间圣母》实际上开始作于佛罗伦萨，他认为《哺乳圣母》也是开始画于佛罗伦萨。[218]这幅作品无疑带有一股佛罗伦萨的气息，这种气息表现在俊俏的脸部、头部的运动和带有小卷的长发，而且圣母和天使还带有韦罗基奥的风格。不管怎样，这正是人们期望看到的，也是米兰的客户希望看到的。他们选择列奥纳多创作此画，正是因为他们想看到佛罗伦萨老练复杂的风格。而伦敦那幅创作时间晚一些的《岩间圣母》却给人一种别样的感觉。它更为严肃一些，人物脸部发出一种苍白的光泽。与前一幅相比，整幅画给人一种单调、悲伤、孤单之美。如果巴黎那幅作品的色彩有些朦胧，那么伦敦这幅则具有更为鲜明的月光般的边线。后面这幅图中圣母头上还多了一个光环，看起来像是满足那个协会的死板要求，这在前面一幅以及列奥纳多在佛罗伦萨画过的所有圣母像中从未出现过。