1481年初，列奥纳多受托为圣多纳托的奥古斯丁修道院绘制一幅大型祭坛画，该修道院位于佛罗伦萨城外的斯科皮托村，村子与普拉托门相距不远。这个修道院财大气粗，还购买过波提切利和菲利波·利比修士的作品。自1479年开始，修道院的日常事物开始由塞尔·皮耶罗·达·芬奇处理，他很可能参与了这个订单，也许参与定制了措词微妙的合同。现在看来，列奥纳多似乎对合同并不满意，因为合同中难以完成的地方着实令人恼火。而塞尔·皮耶罗则想找点事情让列奥纳多脚踏实地，这是他所能找到的最好的方式。
1481年3月双方签订了最初的协议。协议规定，列奥纳多完成作品必须在“两年之内，最多不能超过30个月，如果在规定时间内没能完成，他已创作完成的部分就会被予以没收，我们有权随意处理完成的部分”。这份协议无任何特殊之处，但已能从中看出列奥纳多不按时完成订单的习惯已经是臭名远扬了。但该合同支付酬劳的方式却有些特殊。合同规定列奥纳多不会提前拿到现金，而是获得“德埃尔莎区一份房产的三分之一”，这是弗朗切斯科修士的父亲西莫内遗赠给修道院的。这份房产不能让与他人（“他不能与他人签订合同将房子转手”），但三年之后，他可以选择以300弗罗林的价格将房产再卖给那些修道士（前提是他们也愿买）。伴随这幢房产还出现了另一个难题：列奥纳多必须要“为萨尔维斯特罗·迪·乔瓦尼的女儿支付150弗罗林的神职款”。这个对继承人的限制条款可能属于西莫内的最初遗嘱，将一笔神职款赠与自己所认识的某一个贫苦家庭是当时遗嘱中经常会出现的一种行善形式。此外，列奥纳多还要自己承担“颜料、金饰和所有其他相关开支”。
这份奇特的合同算到最后，修道院要支付列奥纳多150弗罗林（即协商后房产的价值与附带的债务差值）。列奥纳多不能马上领到酬劳，因为他在三年之内不能变卖房产，而且修道院也不提供其他任何费用。列奥纳多最后能拿到的收入还算过得去，但合同条件却非常苛刻。德埃尔莎区是佛罗伦萨城南的一片乡村之地，合同中的那份房产是他惟一能提前拿到的报酬，也许他还曾在里面住过。
到了6月份，也就是协议签订三个月之后，创作遇到的困难日益明显起来。他不得不要求修道院“预支上面提到的神职款，因为他说自己已入不敷出，而且时光飞逝，情况对我们越来越不利”。为了完成这幅画，列奥纳多欠了修道院28弗罗林。他的收入还因修道院为他购买了颜料又扣除了一些。还是在6月，我们得知，“画家列奥纳多大师”收到“一车柴把和一车粗大的原木”，这是为装饰修道院的时钟而获得的收入。8月，他“欠我们1莫几亚（相当于5蒲式耳）谷物，这些谷物是我们的车夫运到他的房子的”。（这个房子大概就是德埃尔莎区上那个房子。）那年9月28日的文件，也就是最后一份文件上写着，他“欠我们一桶红葡萄酒”。
他买不起颜料；他借钱买了谷物和酒；他还为修道院做一些零活儿，赚了一些柴火。这就是列奥纳多1481年的真实生活状况。随着夜幕降临，祭坛画的轮廓也渐渐出现在一块白杨木画板上。
这份合同，以及列奥纳多克服经济困难所绘就的作品就是《博士来拜》，是列奥纳多早期最后在佛罗伦萨创作的，也是最伟大的一部。《博士来拜》是他所有架上画中最大的一幅，有8英尺长，宽度也几乎是8英尺（2.46×2.43米）。画的尺寸和其不多见的方形样子大概反映了圣多纳托祭坛上空间形状。
该画最终没有交付（也许是因为那个修道院在16世纪早期被毁坏的缘故）。列奥纳多没有完成此画就于1482年前往米兰。据瓦萨里记载，他将此画存放在他的朋友、吉内弗拉的哥哥乔瓦尼·德·本奇的家里。此画不知什么时候被美第奇家族收藏，它的名字出现在1621年的美第奇宫收藏的作品目录中。现在它已成为乌菲奇美术馆中最负盛名的画作之一，但准确地说它只是画过底色而已。画板上已经出现整幅画的复杂架构，但细节部分却只是草草画上，这图尚处于草图阶段。画的颜料是将稀释的胶水和铅白与灯黑放在一起搅拌而成。画上有用褐色颜料复绘部分，但最近有人怀疑这些痕迹是否是列奥纳多所画。整幅画的黄褐色色调是因为后涂上的几层清漆褪色造成的。
画的主题是文艺复兴时期绘画中最常出现的主题之一：三个国王或称东方三博士，来到伯利恒向初生的基督表示敬意。列奥纳多肯定知道贝诺佐·戈佐利在美第奇宫的《博士来拜》壁画和波提切利在新圣母玛利亚教堂绘制的《博士来拜》，这幅画是波提切利1476年左右受“钱币兑换商行会”的乔瓦尼·拉米委托而作。该画现藏于乌菲奇美术馆，波提切利画过的《博士来拜图》有四幅流传至今，这幅是其中第二幅，第一幅也许作于1470年之前，现藏于伦敦的国家美术馆。列奥纳多在自己的画中表现了这个主题的所有传统因素，但在处理人物群像上则大胆创新。画中的人物不是在行进的路上，而是处于暴风雨般的漩涡之中，人和动物加起来总共有六十多个形象。在其尚未完成的模糊形式中，众多的形象令人不禁产生困惑之感：怀揣敬意和好奇心的这群朝圣者似乎就是一群乌合之众。众人围在圣母子周围，圣母子虽仍是作品的中心点，但周围人群的包围表现了两人的势单力薄，仿佛有东西要将他们吞掉一般。这一带有威胁意味的漩涡式的人群不仅表现了三个国王献出的象征性的礼物，还预示了孩子的未来。