《岩间圣母》被赠给德国皇帝，这可以解释它为什么最后会留在卢浮宫。卢浮宫里的一些列奥纳多的作品是由列奥纳多本人于1516年带到法国的，但没有事实证明《岩间圣母》也在其中。《岩间圣母》很可能伴随哈普斯堡皇室的收藏品一起于1528年或之后运到了法国，当时马克西米连的孙女埃莱奥诺拉嫁给弗朗索瓦一世，《岩间圣母》最后辗转来到卢浮宫。1625年此画就已经在法国了，当时卡西亚诺?德尔?波佐在枫丹白露看到过它。
伴随这一理论的是，伦敦版本的《岩间圣母》的来龙去脉也有了头绪。这幅画是为“无沾成胎协会”画的，作为送给那个皇帝那幅画的替代品。这样看来，伦敦那幅应该是列奥纳多离开米兰的时候开始创作，即1493年至1499年之间的某个时候。在1503－1508年之间的诉讼中提到的《岩间圣母》应该是伦敦这幅，而非巴黎那个版本。藏于温莎的一幅红粉笔画的可爱小孩侧面像可以证明上述时间的准确。小孩的姿势与伦敦版本的小基督的姿势如出一辙，该素描的画风也是15世纪90年代中期的典型风格。
《岩间圣母》是列奥纳多最为神秘的作品之一。初看此画，你很快就会注意到画的前景中那几只形形色色的手——圣母的手为圣子遮光，天使的手指向一处，孩子的手作祝福状。
画中岩洞的景色已有前人画过，比如菲利波?利比的《基督的诞生》（藏于柏林），以及曼特尼亚的《博士来拜》（作于15世纪60年代初，是为曼图亚的贡扎加家族所作）。这两幅画都将基督的诞生地设置在一个不大的岩洞里。不同之处在于：在列奥纳多这幅画里，小基督与圣约翰竟然碰面了，按照传统两人应该是在圣家族离开埃及的途中相遇。（两人的相遇并没有出现在《圣经》里，而是出现在圣雅各写的福音书中。）岩洞里荒无人烟，按照文艺复兴时期的理解，那是个人迹罕至的地方。在列奥纳多这幅最为静谧的画中似乎暗藏着一段故事。圣母子一家人走了一段路之后，人困马乏，停下来休憩一下，但天色已晚，她们决定在岩洞里过夜，洞里虽然条件艰苦，却可以保护一家人的安全。我前面已经提到过“岩洞”这个主题，这个主题出现在写于1480年那段精彩的短文中，收录在《阿伦德尔抄本》中。这幅画不正表现了黑乎乎的洞中藏着的那个“奇妙之物”。望着此画，我们不禁恍然大悟。我们似乎变成文中那个叙述者，“来到一个巨大山洞的洞口，之前从未听说过这个山洞。我在洞口前伫立了半晌，惊讶万分……”
自然景观与虔诚的形象之间相互作用，一片美轮美奂的野花使之进一步加强，这些花都带有某些宗教象征。圣母头部右侧是耧斗菜（colomba），它的名字广为人知，象征了“圣灵的鸽子”（colomba）。圣母右手上面的植物名叫“蓬子菜”，传统上是马槽的象征。小基督脚下是仙客来，其心形的叶子使这种植物成为爱与虔诚的象征，他膝盖旁边是报春花的基生莲座叶丛，报春花代表美德，韦罗基奥的雕塑《手持一束花的女子》中的花也是报春花。跪着的圣约翰下面的植物也不陌生，它就是“茛苕”，一般种在坟墓上面，被认为是“重生”的象征，因为春天时节它光滑而美丽的绿叶会迅速生长。画中岩洞的檐口还挂着“金丝桃属植物”，或称“圣约翰花”，其黄色花瓣上的点点红色象征了圣约翰殉道时撒下的斑斑鲜血。[220]画家与高品味的观者对这些联系的象征意义都是心知肚明的，但是画作的精确性和移情作用也表明这些植物并非虚构，我们看到的岩石和植物都是真实存在的，已经达到了神似的效果。作品的中心形象是圣母，受到“无沾成胎协会”顶礼膜拜，但从某种意义上说，她也是自然的女性化身——“所有主人的情人”，列奥纳多也为此花费了不少心血。