人类具有说话的伟大能力，但是他们所说的大多既无实际意义又荒谬无理；然而动物说话的能力尽管微乎其微，但是它们所说的有用而真实。
——巴黎手稿 F 96v
一只躺在旧绵羊皮上睡觉的狗，葡萄园中的一张刚刚结好的蜘蛛网，山楂林里的黑鸟，正搬运着黍粒的蚂蚁，一只被鼬“围困在小窝里”的老鼠，一只嘴里含着坚果正飞向高高的钟楼顶端的乌鸦——这些美丽的乡村意象在列奥纳多于15世纪90年代早期创作于米兰的寓言集中都可以找到。这些寓言收录了大量的乡间故事。从特点上看有些伊索的风味——从列奥纳多的一个书单中我们知道他有一本伊索寓言集——但是从其个性和措词上看应该是列奥纳多的原创。故事叙述明快，有些只有几行。其中出现的动物、鸟类和昆虫都会开口说话，给我们讲述着一个个故事。这些故事或许与列奥纳多的梦有关，就像“预言书”中那个鸢的故事那样——“你将会同各种动物说话，它们也会用人类的语言与你交流。” 这个鸢的幻想似乎就属于寓言故事中的万物有灵世界中的一部分——要是把这故事倒转过来从鸢的角度叙述，可能就会是这众多寓言故事中的一个：“一天，一只鸢从空中向下探望，发现一名婴儿正躺在摇篮里熟睡……”至于故事如何继续，我们可想而知。
对于一个在乡下长大的有些孤寂的孩子来说，与动物关系密切并非什么不寻常的事。一旦这些动物成了他生命中的一部分，如果长时间没有它们的伴随，他就会感到不开心。列奥纳多“爱”动物这一点应该是真的，瓦萨里说：他特别喜欢各种各样的动物，他以伟大的爱心和耐心对待它们。例如，当他经过卖鸟的地方时，他会把它们从笼子里拿出，不管卖主要价多高他都会照付，然后把它们放飞空中，重新给予它们一度丧失的自由。
众所周知，列奥纳多是一名素食主义者，某种程度上与他热爱动物有关。（尽管没有证据证明列奥纳多一生都是素食主义者，但是他在晚年肯定是。）1516年，一名在印度的意大利游者，安德烈亚·科萨利在一封信中把古吉拉特人描写成“性情温顺的人……他们不吃任何有血的东西，也不允许人们伤害任何有生命的东西，就像我们的列奥纳多·达·芬奇一样”。列奥纳多的密友，古怪的托马索·马西尼也有过类似的说法：“他不会以任何原因杀死一只跳蚤；他喜欢穿着亚麻衣服而不是穿一些用死去的动物皮毛制成的衣服。”
列奥纳多的寓言集和预言故事表明，他对动物所遭受的苦难异常敏感，但是并没有因这种对动物的尊敬而形成感伤。他的解剖手稿中有很多动物习作，从熊掌到牛的子宫种类不一，这些显然都是基于自己的实际解剖。里面还有“相貌奇怪”的蜥蜴，是有一天蒲柏的园丁送来的。列奥纳多把这只蜥蜴放在盒子里用来“吓唬他的朋友们”，起初他还用“一种水银混合剂”给它“粘上”翅膀、触角和胡须。至于这只蜥蜴是否喜欢这样的游戏列奥纳多倒没有记载。这段逸事有种孩童时的恶作剧的味道，瓦萨里却是在记述列奥纳多在罗马时讲的这个故事，而当时列奥纳多已经六十几岁，所以故事可能系瓦萨里杜撰，当然也可能是真的。
瓦萨里说，列奥纳多“一直养”马。这本身并没有什么特别之处——在文艺复兴时期的意大利除了最贫穷的人之外所有的人都养马——所以人们认为，瓦萨里这么说还有另一层意思：列奥纳多是一位非同一般的马匹鉴赏家。这一点至少可以从他写生簿上众多优美的习作中推断出来。其中最早的作品绘制于15世纪70年代末，是为《牧羊者崇拜》绘制的准备稿。《牧羊者崇拜》这幅作品要么已经丢失（可能性很大），要么就是一直处在计划阶段而根本没有绘制。这幅骏马图保持了此类主体惯有的家庭风格，表现的是农场上熟悉的马匹形象。画面上一匹马背向我们，正在啃草，这匹马瘦骨嶙峋，甚至有些难看。与这幅马的素描一起的（纸张类型也一样）还有一幅牛和驴子的草图，同样以现实基调绘制。稍晚一点的是为那幅未完成的《博士来拜》（1481－1482）而作的习作，其中的马匹形象更显生气，也更为浪漫。“马和不用马鞍的骑手” 这幅素描是列奥纳多早期习作中的一幅，以前珍藏于罗德岛纽波特市的布朗收藏中，是目前世界上最昂贵的素描。2001年6月在克里斯蒂拍卖会上以一千二百万美元的价格平了前一年米开朗基罗的《升起的基督》素描创下的世界纪录：列奥纳多的素描，有明信片大小，每平方英尺的价格接近一百万美元。后来列奥纳多还创作了其他一些马匹习作——为弗朗西斯科·斯佛萨画的骑马像（1488－1494），《安加利之战》的壁画（1503－1506），以及雇佣军队长詹雅科莫·特里武尔齐奥葬礼纪念碑上所作的习作（1508－1511）等等，但是早期在佛罗伦萨创作的素描应该是最美的，这些都是拉货车的马和童年时在农村看到的马，而后来创作的马都是按要求创作的战争中的骏马和军马。
列奥纳多画马往往信手拈来——温莎城堡中的“军事战车”一画足以证明这一点。这幅画的关键是这辆令人生畏的战车，带着锯齿状的车轮和古炮炮弹连枷。尽管马匹不是此画的重点，但是列奥纳多还是给拉这辆战车的两匹马赋予了个性，其中的一匹耳朵竖起，眼睛警觉，好像被什么不期而至的东西所惊吓。但如果你把这辆战车盖住，你会发现这两匹马其实就是正拉着货车或犁的农用马而不是战马。